Бұл саланың ерекшелігі – тірі жасушаларды табиғи биокатализатор ретінде пайдалану. Микроорганизмдер белгілі бір қоректік ортада өсіріліп, олардың ферментативтік және метаболизмдік белсенділігі арқылы антибиотиктер, ферменттер, аминқышқылдары, органикалық қышқылдар, дәрумендер, биополимерлер және рекомбинантты ақуыздар өндіріледі.
Өнеркәсіптік биотехнологияның басты міндеті – биологиялық процестердің тиімділігін арттыру, өндіріс өнімділігін жоғарылату, ресурстарды үнемдеу және экологиялық тұрғыдан тұрақты технологияларды қалыптастыру.