In base alla loro funzione possono essere innocui, utili, alterativi o patogeni. I microrganismi utili sono importanti per l’uomo: i lieviti servono per produrre pane, birra e vino, mentre i batteri lattici servono per produrre yogurt. Anche il microbiota intestinale è importante perché aiuta il sistema immunitario e produce alcune vitamine. I microrganismi alterativi possono rovinare gli alimenti, come fanno le muffe, mentre quelli patogeni possono causare malattie nell’uomo, negli animali e nelle piante.