Nhờ ứng dụng chỉ thị phân tử, các nhà chọn giống xác định được các cá thể mang gi mong muốn trong giai đoạn sớm (bằng kĩ thuật khuếch đại gene (PCR), giải trình tự gene (Sequencing), phản ứng cắt bằng enzyme giới hạn,...), nhờ đó rút ngắn thời gian chọn giống mới, giảm chi phí và công lao động.