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Echantillonnage (sampling) - Coggle Diagram

- - - - Social
      - Alimentaire
      - Déplacement
- - - - Royaume-Uni (Canada)
      - Russie
      - Japon
      - USA
- - - - Menacées d'extinction
      - Milieu difficile à atteindre
      - Petite taille
      - Espèces cryptique
      - Stade de vie cryptique dominant
      - Espèces craintives (élusives)
      - Mode de vie nocturne
      - Espèce migratice
    - - ADN environnemental
      - ADN pouvant être extrait à partir d'échantillons environnementaux sans avoir à les isoler des organismes cibles au préalable
      - Méthode qui propose d'inventorier des taxa présents, ou passés dans un milieu, directement au travers de leur ADN, à partir du prélèvement d'échantillon de terrain. Les résultats obtenus sont principalement d'ordre qualitatif, et, dans certains cas, d'ordre quantitatif
      - Lecture plus exhaustive que les techniques classiques
    - - Eau
      - Feces
      - Sol
      - Air
    - - Excréments
      - Plumes
      - Peau
      - Sang
      - Salive
      - Poils
      - Gamètes
      - Pollen
      - Mucus
      - Ecailles
    - - 2008
        
        Détection d'un amphibien
      - 1987
        
        Détection de bactérie
      - 2009
        
        Régime alimentaire
      - 2012
        
        Inventaire de groupe de vertébré
      - 2021
        
        Premier inventaire global de la biodiversité dans un fleuve
    - - Barcoding
        
        Cible une seule et même espèce
      - Metabarcoding
        
        Cible plusieurs taxons en même temps
        
        Peut aussi cibler un régime alimentaire
        
        Cible un gros taxon (ex poisson)
        
        Composition floristique du miel
        
        Suivi de la biodiv totale
      - Gadget
        
        Visseuse
        
        Pompe
        
        FIltre
      - Etapes
        
        Collecte des échantillons
        
        Dans la matrice étudiée
        
        Essayer de minimiser la contamination
        
        Filtration d'eau
        
        Récupérer toute la phase solide transportée par l'eau
        
        Kits de filtration
        
        Capsule de filtration stérile
        
        Purification
        
        Laboratoire
        
        Procédés de lyse
        
        Retenir uniquement l'ADNe
        
        Conditionnement dans des puits numérotés
        
        Amplification
        
        Barcodes amplifiés par PCR
        
        Fragments de gènes ou séquences
        
        Amorces
        
        Courts fragments d'ADN synthétiques introduits dans l'échantillon qui définissent la séquence caractéristique à amplifier
        
        Sorte de code-barre
        
        Spécifiques
        
        Permet la détection d'une espèce précise
        
        Barcoding
        
        Universelle
        
        Prend tout
        
        Metabarcoding
        
        Séquençage
        
        Séquenceur nouvelle génération
        
        Transforme le code génétique en format numérique binaire par lecture de fluorescence
        
        Assignation taxonomique
        
        Comparaison des barcodes avec ceux de la base de référence
        
        Détermine la présence ou absence du taxon
        
        GenBank la base de référence