São instalados em um endpoint específico, como um laptop, roteador ou servidor. O HIDS monitora apenas a atividade nesse dispositivo, incluindo o tráfego de e para ele. Um HIDS normalmente funciona tirando instantâneos periódicos de arquivos críticos do sistema operacional e comparando esses instantâneos ao longo do tempo. Se o HIDS perceber uma alteração, como edição de arquivos de log ou alteração de configurações, ele alertará a equipe de segurança.
As equipes de segurança muitas vezes combinam sistemas de detecção de intrusão baseados em rede e sistemas de detecção de intrusão baseados em host. O NIDS analisa o tráfego em geral, enquanto o HIDS pode adicionar proteção extra em torno de ativos de alto valor. Um HIDS também pode ajudar a capturar atividades maliciosas de um nó de rede comprometido, como ransomware se espalhando de um dispositivo infectado.