Menurut kajian LIPI, terdapat beberapa akar utama konflik Papua. Pertama, peminggiran dan diskriminasi terhadap masyarakat Papua. Kedua, pembangunan pendidikan, kesehatan, dan ekonomi yang belum optimal. Ketiga, proses integrasi politik, ekonomi, dan sosial budaya yang dianggap belum selesai. Keempat, kekerasan politik yang terus berulang serta berbagai kasus pelanggaran HAM yang belum terselesaikan.