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MODIFICAZIONI DELLA CROMATINA - Coggle Diagram
MODIFICAZIONI DELLA CROMATINA
METILAZIONE
citosine delle CpG
frequenza CpG minore a quella attesa per 5metilcitosina demetilata
C --> T = difficile da individuare, mutazioni
letta da proteine specifiche, gruppo metile esposto verso l'esterno
aggiunta di un gruppo metile CH3
effetti
indiretti
riconosciuto da proteine specifiche
diretti
se influenzano promotori
imprinting genomico
regola l'espressione del gene in modo indipendente dall'origine parentale
origine parentale
indipendente
mantenimento dell'integrità genoma
silenziamento di elementi trasponibili e mobili
meno metilati= elementi più mobili
silenziamento genico
meditazione di regioni promotori, riduce o blocca espressione genica
regione silencer = aumenta attività --> espressione del gene
regione enhancer = ne riduce attività
regioni ricche di CpG + o - metilate (CpG Island)
2 meccanismi
diretta
impedisce legame dei fattori di trascrizione
indiretta
promuovono legame con MBD proteine
associato a maggiore condensazione della cromatina
CpG island
zone non metilate
riconosciute da proteine che legano il DNA e impediscono l'accesso delle metiltrasferasi --> no metilazione o reclutano enzimi di demotivazione
responsabili
readers = leggono e riconoscono i segnali di mediazione
erasers = attività di demetilazione del genoma
writers = aggiungono gruppi metili
DNMT 2
metil trasferasi che metila piccoli RNA
DNMT 1
metil trasferasi di mantenimento
DNMT 3A e 3B
metil trasferasi de novo
MODIFICAZIONE CODE ISTONICHE
code istoniche
arginine e lisina hanno carica positiva
fosforilazione
metilazione arginine
metilazione, acetilazione e ubiquitinazione delle lisine
azione
diretta
modifica fisica delle interazioni DNA - istoni
indiretta
modificazioni riconosciute da reader
ALTRI ELEMENTI CHE RIMODELLANO
rimodellatori ATP-dipendenti
complessi proteici che usano tanta ATP per modificare la cromatina, non usata per catalizzare reazioni ma x indurre cambiamenti conformazioni
3) rimodellatole usa idrolisi ATP per rimodernamento cromatina, fattore si stacca
2) reclutamento del complesso di rimodellam. cromatina
1) fattore specifico lega DNA
6) reclutano la polimerasi
4) nucleosomi spostati
5) fattori di trascrizione legano promotore
varianti istoniche
varianti di H2A e H3 sostituiscono gli "originali" e sono ass. a particolari funzioni del genoma
ncRNA
regolazione dell'espressione genica
RNA interferenti (miRNA e siRNA)
complesso Xist
small e long ncRNA