Strutture tridimensionali, struttura secondaria: Come la cellulosa, le proteine sono dei polimeri, ma diversamente dalla cellulosa, in cui tutte le unità sono uguali (glucosio) le unità che si ripetono nelle proteine sono diverse. Le parti dell'amminoacido che forma una catena di polimeri sono identiche, quello che cambia sono le catene laterali. A seconda della natura di queste catene, alcune parti della proteina si possono organizzare in segmenti ordinati che ne costituiscono la struttura secondaria. Tre fattori determinano la struttura secondaria di un segmento polipeptidico: 1) la planarità nella regione intorno a ogni legame peptidico (conseguente al parziale carattere di doppio legame del legame ammidico), che limita le possibili conformazioni della catena peptidica), 2) La formazione del numero maggiore possibile di legami a idrogeno tra gruppi peptidici (tra l'ossigeno del gruppo carbonilico di un amminoacido e l'idrogeno ammidico di un altro amminoacido), per minimizzare l'energia, 3) la necessità di una adeguata separazione tra gruppi R vicini per evitare repulsione sterica e repulsione tra cariche uguali.