Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
TRASCRIZIONE PROCARIOTICA - Coggle Diagram
TRASCRIZIONE PROCARIOTICA
COMPLESSO BINARIO...
APERTO
inizia l'apertura della doppia elica del DNA e formazione della bolla trascrizionale
di circa 18/20 nucleotidi
è
irreversibile
CHIUSO
legame tra RNA-pol e DNA senza che la doppia elica del DNA sia ancora separata
è
reversibile
la transizione da chiuso ad aperto avviene grazie al
dominio σ2
della proteina sigma
esso si inserisce tra i due filamenti del DNA provocando un cambiamento conformazionale nell'RNA-pol e la formazione di
canali
tunnel del non stampo
canale di uscita dell'RNA
tunnel dello stampo
canale di uscita del DNA
canale d'ingresso del DNA
canale d'ingresso dei ribonucleotidi
MELTING DEL DNA
è il processo di
apertura della doppia elica
del DNA
mediato dal
dominio σ2
della proteina sigma
un ruolo chiave è svolto anche dai
nucleotidi -7 e -11
subiscono un
flip-out
, ovvero un ribaltamento verso l'esterno che permette loro di posizionarsi in cavità specifiche del dominio σ2
questo
destabilizza la doppia elica
e porta alla sua apertura proprio a livello della sequenza
-10
poichè la sequenza -10 è ricca di A e T ci vuole anche meno energia per aprire l'elica
FASE DI INIZIAZIONE
dopo la formazione del complesso binario aperto, inizia la trascrizione a partire dal
nucleotide +1
l'inizio viene detto abortivo, perchè l'RNA sintetizza inizialmente dei
frammenti abortivi
, ovvero brevi sequenze di 10/12 nucleotidi che poi rilascia
quando si riesce a superare questo inizio e si supera il limite di 10/12 nucleotidi, inizia la fase di allungamento
modello "del bruco"
modello
scrunching
modello "
transient exclusion
"
una volta completata la fase di inizio,
viene evaso il promotore
,
la subunità sigma viene rilasciata
e l'RNA procede con la sintesi
FASE DI ALLUNGAMENTO
dopo il rilascio della subunità sigma e l'evasione del promotore, l'RNA polimerasi inizia a muoversi lungo il DNA
scivolamento progressivo
: un nucleotide alla volta
mentre la polimerasi avanza, il DNA si ripristina dietro di essa
PROOFREADING
DELL'RNA POLIMERASI
non ha un sito catalitico esonucleasico, ma ha comunque un
meccanismo di correzione
se viene inserito il nucleotide sbagliato, l'RNA-pol entra in
fase di stallo
facendo così, concede il tempo necessario affinchè una delle due
reazioni inverse
avvenga
editing idrolitico
editing pirofosforolitico
dopo aver rimosso il nucleotide sbagliato, l'enzima fa un passo indietro (
backtracking
) e riprende la trascrizione inserendo quello corretto
FASE DI TERMINAZIONE
Rho-dipendente
l'RNA-pol trascrive le
sequenze rut
, poste alla fine dell'unità trascrizionale, che a loro volta reclutano il fattore Rho
Rho è un'elicasi
ATP-dipendente
che ha il compito di separare l'RNA dal DNA e dall'RNA polimerasi, provocandone quindi il
rilascio
Rho-indipendente
nel DNA è presente un
terminatore intrinseco
, caratterizzata da sequenze invertite ricche in G e C seguite da una serie di A (adenine)
quando questa regione viene trascritta l’RNA appena sintetizzato forma una
struttura a forcina
grazie all’appaiamento tra le sequenze complementari ricche in GC.
subito dopo la forcina si trova una sequenza ricca in U (uracili) nell’RNA: i legami A-U sono deboli →
il complesso RNA-DNA diventa instabile
la combinazione di struttura a forcina e legami deboli A-U, provoca il
distacco dell’RNA
e della RNA polimerasi dal DNA.
In breve: la struttura dell’RNA stesso induce la terminazione.