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ADN - Coggle Diagram

- - - - Unicas
        
        Lenta
      - Altamente repetidas
        
        Rapida
      - Moderadamente repetidas
        
        Medio
  - - - p(Densidad)= 1.660 + 0.00098*(G+C)
  - - - Genes
      - Secuencias espaciadoras
    - - ARN ribosomico
      - genes de histomas
    - - Secuencias telómeros y centrómeros (ADN satelite)
    - - Elementos moviles (algunos genomas son el 60% de esto)
      - ADN satelite o ADN basura
  - - - Genomas pequeños vs genomas medianos vs genomas grandes
- - - - Mitocondria
      - Cloroplastos
- - - - Secuendcia de nucleótidos, unidos por enlaces fosfodiester
    - - Tamaño
      - Composición
      - Secuencia de bases
        
        La secuencia se nombrea con la inicial de la base que contiene cada nucleótido
  - - - Procariote
        
        Mitocondrias y plastos
        
        Plegacion en forma de super-helice
        
        Forma circular
        
        Asociacion con proteínas
      - Eucariote
        
        Complejo y compacto
        
        Presencia de histonas y otras proteínas
        
        Cromatina
        
        Niveles de organizacion
        
        Nucleosoma
        
        Collar de perlas
        
        Fibra cromatínica
        
        Bucles radiales
- - - - Monosacarido
      - Base nitrogenada
        
        Purinica
        
        Pirimidica
      - Grupo fosfato
        
        Tipos
        
        Monofosfato
        
        Difosfato
        
        Trifosfato
  - - - No contiene grupo fosfato
      - Pentosa
      - Base nitrogenada
    - - Anty
        
        Plano de la base alejada del plano de la pentosa
      - Syn
        
        Plano de la base superpuesta del plano de la pentosa
    - - N-glucosídico
        
        Posiciones
        
        C1' (pentosa)
        
        N base (1 o 9)
  - - - Citosina
      - Timina
    - - Adenina
      - Guanina
- - - - Porcentaje de C+G
        
        A mayor pares de bases C-3-G, mayor Tm. Mayor energía para separarlos
  - - - Moleculas del ADN cargadas negativamente
      - Disminuyen fuerza ionica
      - Disminuye concentración de cargas positivas que estabilizan la molecula
      - Aumenta fuerzas de repulsion
      - Menos estabilidad al ADN
    - - pH acido se puede protonar, causando repulsion
      - pH alcalino ocurre lo mismo
- - - - Semiconservativa
        
        La molecula se abre por la ruptura de puentes H entre las bases complementarias en puntos determinados llamados
        
        Origenes de replicación
        
        Proteínas iniciadoras reconocen secuencias de nucleótidos especificas
        
        Facilitando la fijación de otras proteínas que permiten la separacion de las dos hebras formando una:
        
        Horquilla de replicación
        
        Gran numero de enzimas y proteínas intervienen en la replicacion formando
        
        Complejo de replicaciono replisoma
        
        En los puntos fijos avanza de forma secuencial armado estructuras en forma de horquilla
        
        Bidireccional, se sintetizan dos cadenas en ambos sentidos
        
        Cantidad de ADN que se puede replicar se llama replicón o unidad de replicación fundamental
        
        Genoma bacteriano tiene un unico replicón en forma circular
        
        Genoma eucariotico multiples origenes
      - Secuencialidad
        
        Primeros genes en replicarse son los primeros en transferirse
        
        Avanza en forma de hroquilla
        
        Forma de horquilla que forma a su vez una burbuja
        
        Avanza en direccion a la region del ADN no duplicado y deja atras dos moldes de ADN de cadena simple donde se produce replicacion
      - Bidireccionalidad
        
        Un punto sintetiza las dos cadenas en ambos sentidos
        
        Procariontes hay expeciones por la forma
        
        ADN mitocondrial, plasmidos y genomas monocatenarios su replicacion sera unidireccional
        
        Existiendo uno o dos puntos de origen
      - Semi-discontinua
        
        La replicacion siempre se produce en sentido 5'->3' siendo el extremo 3'-OH libre el punto donde se produce la elongacion del ADN
        
        La cadena se sintetiza en el mismo sentido que avanza la horquilla de replicacion
        
        Hebra adelantada o conductora (Leading strand)
        
        Sintetizacion continua por ADN polimerasa
        
        La cadena que se sintetiza en el sentido contrario a la horquilla de replicacion
        
        Hebra retrasada, rezagada (lagging strand)
        
        Sintetizacion discontinua, esperando horquilla de replicacion para avanzar y disponer de cierta longitud lde ADN molde
    - - Mecanismo de duplicación del ADN
      - Sintetiza una copia identica
      - 1 molecula de ADN unica
        
        2 o mas replicas identicas
    - - Son cextremos del cromosoma, regiones no codificantes del ADN altamente repetitiva
      - Da estabilidad estructural de cromosomas eucariontes
      - Involucrados en enfermedades como el cancer
      - Los organismos procariontes tiene cromosomas circulares que no poseen telomeros
      - Los telomeros fueron descubierto por Barbara McClinkton en 1983
      - Cientificos ganadores del premio Nobel en 2009 describieron molecularmente a los telomeros, demostrando su conservacion evolutiva y descubrieron la telomerasa. Ademas de dar un explicación a la problematica end-replication y el mecanismo molecular de proteccion de extremos cromosomales
      - En los cromosomas existen 2 tipos de ADN: ADN codificante, constituye genes, prociones del cromosoma donde se encuentra informacion que codifica las proteínas ARNt ARNr dispersos en gran cantidad de ADN no codificante
      - Entre el ADN no codificante forma el centrómero y los telómeros de los cromosomas. El centromero es una porción alargada del ADN que permite que el ADN se fije al huso mitotico durante la fase M del ciclo celular
      - Los telomeros mantienen la integridad de las terminaciones del cromosoma impidiendo que se amarañen o adhieran entre si.
      - Ayudan a que los cromosomas homologos se emparejen entrecrucen en la profase meiosis
      - Los telomeros humanos contienen hasta 2000 veces repetidas 5'TTAGGG3'
    - - Iniciacion
        
        Helicasa rompe puentes de H que mantiene unida a la doble helice en direccion 3'->5' en la hebra rezagada 5'->3' en la hebra adelantada. Utiliza ATP
        
        Proteínas SSB encargadas de la estabilización del ADN monocatenario generado por helicasas, impidiendo la renaturalizacion del ADN
        
        Formacion rapida y cooperativa
        
        Helicasas avanzan y generan superenrrollamientos en al doble cadena por delante de la horquilla, de no ser eliminados el replisoma no avanza
        
        Las topoisomerasas eliminan el superenrrollamiento cortandon una o dos cadenas de ADN y pasandolas por la rotura realizada
      - Elongacion
        
        ADN pol III cataliza la sintesis de las nuevas cadenas añadiendo nucleotidos a partir del molde
        
        Sintesis bidireccional desde cada origen con dos horquillas que avanzan en sentidos opuestos
        
        Cuando dos horquillas se encuentran y als 2 burbujas se encuentran se fusionan y eso indica que la rpelicacion ya esta hecha
        
        ADN pol III necesita un extremo 3'-OH libre, es necesario ARN primasa para que catalice la formacion de un fragmento corto especifico de ARN llamado cebador, determinando donde ADN polimerasa añadira nucleotidos
        
        Durante la sintesis de cada horquilla de replicacion se forman dos copias nuevas a partir del cebador sintetizado en cada una de las dos hebras de ADN que se separaron en la fase de iniciacion
        
        Hebra adelantada replicacion continua
        
        Hebra rezagada replicacion por fragmentos de Okazaki
        
        Mitad del dimero de ADN pol III sintetiza la hebra adelantada y la otra mitad la rezagada. La elongacion de la hebra rezagada es por medio de un modelo del trombon
        
        Hebra rezagada cuando el ADN pol III hace contacto con el extremo del otro fragmento de Okazaki contiguo, el cebador de ARN es eliminado y los dos fragmentos de Okazaki son unidos en uno
        
        Al juntarse todos se completa la doble helice de ADN. La eliminacion de cebadores intervienen enzimas como ADN pol I que elimina el ARN con su actividad exonucleasa 3'->5' y simultaneamente rellenando con ADN mediante su actividad polimerasa 5'->3', denominada nick-traslation
        
        Quedo rotura entre el extremo 3'-OH libre y el fosfato 5' de la cadena sintetizada. El ADN ligasa sella la rotura completando el enlace fosfodiester. Hidrolizando una molecula de ATP
      - Terminacion
        
        Se relaciona con el problema de duplicacion del ADN lineal
        
        Al final del proceso un extremo romo y un extremo 3' protuberante que no pueden ser replicados por la ADN polimerasas celulares
        
        Produciria un acortamiento progresivo en cada division del cormosoma. Los eucariontes desarrollarian estrategias de elongamiento para los extremos de manera que no puedan quedar secuencias sin replicar.
        
        Son cerrados por medio de los telomeros ya que no pueden quedar susceptibles al ataques por el mecanismo de reparacion celular
    - - El ADN contenido replica completamente en la duplicacion de ADN. Debido a que la enzima ADN pol III trabaja 5'->3'
      - Para una de las hebras no es problema pero para duplicar la rezagada 3'->5' se forman fragmentos de Okazaki.
      - El inicio de cada segmento lo constituye ARN, se sustituye por ADN el primer extremo 5' no puede ser completado ya que requeriria trabajar en direccion 3'->5'
      - El telomero se hara cada vez más corto en cada replicación
      - Los telomeros en las mayoria de especies animales y vegetales estan costituidos por subunidades cortas de nucleotidos ricos en timina T y guanina G
    - - Enzima formado por un complejo proteína-acido ribonucleico con act. transcripatasa inversa (puede sintetizar ADN a partir de ARN propio) es producida por células germinales embrionarias que permiten el alargamiento de los telomeros
      - Es reprimida en celulas somaticas adultas despues del nacimiento, produciendo un acortamiento dle telomero despues de cada división celular.
      - Al alcanzar cierto límite la celula queda en estado G0 del ciclo celular
      - El desgaste del telomero impide su funcion protectora del cromosoma. Siendo incapaces de duplicarse activando el mecanismo de apoptosis
      - Muchas celulas cancerosas, activan la telomerasa favoreciendo la proliferacion de un clon maligno