Berkaitan dengan hierarki peraturan perundang-undangan, ada dua soal yang sering dibahas. Pertama, mengenai perlu atau tidaknya memasukkan Ketetapan Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) ke dalam hierarki peraturan perundang-undangan (Pasal 7 ayat (1) UU 12/2011). Kedua, relevansi masuknya peraturan-peraturan lembaga negara, badan, atau komisi seperti peraturan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), Dewan Perwakilan Daerah (DPD), bahkan Peraturan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) atau Bank Indonesia sebagai peraturan perundang-undangan (Pasal 8 ayat (1) UU 12/2011).