Il conflitto tra Impero e Papato proseguì con Federico II di Svevia, nipote di Barbarossa e figlio di Enrico VI e Costanza d’Altavilla, era soprannominato Stupor Mundi per la sua eccezionale cultura e perché la madre era una suora e lo partorì ad un età avanzata per quei tempi, era soprannominato anche anticristo, siccome era contro la Chiesa, univa in sé l’eredità tedesca e quella del Regno di Sicilia. Cresciuto sotto la tutela del papa Innocenzo III, divenne poi un sovrano innovatore: fondò un’università laica, promosse la cultura, emanò leggi centralizzatrici (Costituzioni di Melfi), parlava diverse lingue e incoraggiò le arti, dando impulso anche alla nascita della poesia volgare italiana. La sua autorità, però, preoccupava profondamente la Chiesa. Il nuovo papa Gregorio IX lo scomunicò accusandolo di non voler partire per la crociata. Federico rispose con dure critiche, ma partì comunque: la sua VI Crociata (la “crociata dello scomunicato”) gli permise di conquistare Gerusalemme grazie a un accordo diplomatico col sultano, suscitando ulteriore ostilità papale. Durante la sua assenza, il Papa tentò di screditarlo e organizzò un esercito contro di lui; al suo ritorno, Federico sconfisse l’opposizione e ottenne il ritiro della scomunica.
In questo clima teso, le città italiane continuarono a essere teatro delle lotte tra Guelfi, e Ghibellini. Firenze ne fu il centro più violento, con divisioni interne tra Guelfi bianchi (più autonomisti, come Dante) e Guelfi neri (strettamente filo-papali). Federico II approfittò di un successo ghibellino per imporre suo figlio come podestà della città, ma l’equilibrio cambiò più volte, perché i Comuni capirono che per conservare il proprio potere dovevano opporsi tanto all’Imperatore quanto al papa. Alla fine, l’intera Italia comunale divenne il campo di battaglia di una lunga lotta tra Papato e Impero, dove le divisioni interne tra Guelfi e Ghibellini si intrecciarono con le ambizioni dei sovrani svevi e la determinazione dei Comuni a difendere la loro autonomia