Según el Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad de la CONABIO, en la reserva habitan más de 5,090 especies de plantas y animales. Se han registrado 2,308 especies de plantas vasculares, 131 especies de mamíferos (el primer lugar nacional), 363 especies de aves (27 endémicas o cuasi-endémicas), 131 especies de herpetofauna (reptiles y anfibios), 27 especies de peces y 800 especies de mariposas. De estas especies, 202 se encuentran dentro de alguna categoría de riesgo de la NOM-059-SEMARNAT-2010.