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Bactériologie-Virologie-Parasitologie-Mycologie : - Coggle Diagram
Bactériologie-Virologie-Parasitologie-Mycologie :
Introduction :
55% bactéries; 35% virus; 10% parasites
Pour la recherche d'étiologie de diarrhées infectieuses : on cherche d'abord les bactéries puis les virus et enfin des parasites MAIS JAMAIS de champignon !
Le médecin doit spécifier ce qui doit être recherché.
Pour la recherche d'étiologie de méningite infectieuse : on recherche d'abord les bactéries puis les virus enfin les champignons MAIS JAMAIS de parasites !
Prescription complexe : qui doit être adaptée en fonction des agents infectieux à rechercher.
Techniques spécialisées : souvent difficile de rendre des résultats rapidement car les techniques sont manuelles et chronophages et que les exigences analytiques sont très variables.
Diagnostic direct : faire le diagnostic le plus tôt possible pour ne pas louper le pathogène.
Diagnostic indirect : rétrospectif, au moment où on est malade sérologie négative car Ac après 15J.
La pandémie de covid-19 : tous concernés :
Diagnostic direct :
On essaye tjrs de privilégier le diagnostic direct. La recherche d'un agent infectieux 3 semaines après qu'un patient ait été malade, n'aura pas vraiment d'intérêt puisqu'on ne trouvera rien.
Le prélèvement doit être fait à l'endroit où se situe l'agent pathogène.
Il est parfois utile de téléphoner et de rajouter des choses sur le bon de demande.
Objectif : cultiver le virus ou les protéines virales ou le génome du pathogène.
Au début de la crise covid, on avait une absence de test commercial et on réalisait des test de RT-qPCR, ça mettait 3h30 à rendre les résultats.
Les prélèvements sont de différents types : écouvillons nasopharyngés, lavage broncho-alvéolaires, crachats profonds.
Le tube contenant l'écouvillon est mis dans 2 boites. Le transport se fait soit par une ambulance habilitée, soit à pied par les IDE et AS. Le prélèvement n'arrive pas directement dans le tuyau pneumatique !
Il est déballé dans un poste de sécurité microbiologique dans un labo type L3.
On procédé ensuite à la neutralisation : explosion de tous les virus et bactéries pour n'avoir que les acides nucléiques.
Description de la technique de PCR : ARN du virus extrait; amorces; ADN polymérase; sonde; nucléotides et reverse transcriptase. Période de chauffage et refroidissement successif. On amplifie pour être sur de ne pas passer à côté du virus.
Si un patient à 2 courbes + courbe contrôle = POSITIF
Si un patient courbe contrôle = NEGATIF
Si patient a aucune courbe = PB machine; le patient n'est pas forcément NEGATIF !
Ensuite il y a eu le dvlpt de test commerciaux, plus faciles à utiliser, plus rapides et de plus grandes capacités.
Apparition aussi de tests sérologiques et antigénique.
Diagnostic indirect :
La sérologie permet de retrouver soit des AC anti-N témoins de l'infection, soit des Ac anti-S chez les personnes vaccinées.
La protéine N correspond à la nucléocapside qui entoure le génome viral.
La protéine S correspond à la protéine de surface, protéine spike du virus.
Le vaccin contre le covid est constitué d'Ac anti-spike.
C'est grâce à la sérologie que l'on peut différencier une personne vaccinée et une personne infectée.
Pour les ID on a utilisé des Ac monoclonaux.
En pratique, la sérologie n'est plus utile, pour le Covid, car le virus a circulé de partout.
Evolution des marqueurs virologiques lors de l'infection :
Avant de dvlpt des symptômes nous sommes contagieux.
Au moment où nous sommes symptomatiques il n' y a pas encore d'Ac.
Les IgM et IgG apparaissent de manière rétrospective au bout de 15J-3 semaines.
Les tests Ag sont aussi des prélèvements nasopharyngés et font parte des techniques de diagnostic direct.
Rapidement on cherché à savoir si les patients avaient une grande charge virale ou pas et si la charge virale était un facteur pronostique d'une sévérité de la maladie.
Ct = cycle seuil = nbr de cycles qu'il faut pour que le signal de fluorescence soit différent du bruit de fond.
Petit Ct=charge viral élevée
Grand Ct=charge virale faible
Les tests Ag en bactério-viro-parsito-myco :
Ce sont des tests de diagnostics directs qui sont réalisés à J0 contrairement à la sérologie !
Ils détectent une protéine du virus sauf la protéine Spike.
Un test Ag est moins sensible qu'un test PCR.
POC = pas forcément réalisé en labo mais par médecin ou n'importe quelle service.
Il n'y a pas d'amplification.
Test Ag : diagnostic rapide
PCR : diagnostic de référence
Sérologie : mettre en évidence qu'on a eu la maladie ou qu'on est vacciné.
Bactério : - Diagnostic de pneumopathies à légionelle
Parsito-Myco :
Diagnostic du paludisme : 1ère technique MO mais utiles si pas de labo (Afrique).
Ils sont pas tjrs bon (faux positif) mais sensible surtout pour P,Falcipraum.
Viro : - Diagnostic diarrhée infectieuse
PCR spécifique en bactério-viro-parasito-myco :
Bactério :
PCR utilisée pour diagnostic d'infections à germes non cultivables ou difficilement cultivables.
Chlamydia trachomatis; gonocoque; mycoplasma genitalium; trichomonas sur le même prélèvement.
Coqueluche : sur sécrétions nasopharyngées, dans les 3ères semaines de toux.
Tuberculose : bactérie à tps de diffusion très lent, rechercher Mycobatérium tuberculosis et gène de résistance à la Rifampicine et Isoniazide.
Gastrites et ulcères : rechercher Helicobacter pylori et gène de résistance à la Clarithromycine.
Parasito-Myco :
Les PARASITES ne se cultivent PAS ! donc PCR pour tous les parasites.
Pour les champignons non cultivables.
Permet diagnostic en urgence pour aspergillose, mucormycose, toxoplasmose de l'ID, pneumocystose.
Virus : - Il n'y a pas de techniques de culture donc tous les VIRUS sont diagnostiqués par PCR
PCR multiplex et approche syndromique en bactério-viro-parasito-myco :
PCR simple : on teste un virus dans un tube, puis une bactérie dans le 2ème... On fait autant de réactions que d'agents pathogènes recherchés.
PCR multiplex : recherche de plusieurs agents pathogènes dans 1 seul tube ! On peut mélanger les parasites, les champignons, les virus et les bactéries; ainsi que des gènes de résistance.
Avantage : rapide, facile, bcp utilisé dans les labos d'urg, simplification du diagnostic, raccourcissement du délais de rendu des résultats
Inconvénients : cher, pas remboursé.
Si le test revient négatif cela ne veut pas dire que le patient ne comporte pas d'agents pathogènes mais seulement l'agent pathogène en cause n'est pas compris dans la liste de ceux chercher par la machine.
Ces tests existent pour les prélèvements d'appareil respi, gastrique, méninges et IST.
Attention chez l'ID qui peut tout développer !
Examen direct en bactério-paraisto-myco :
Bactério :
Utilisation de la coloration de GRAM : bactéries à gram négatif (peptidoglycane fin) colorées en rose et bactéries à gram positif (peptidoglycane épais) colorées en violet.
3 utilisations : Coloration fondamentale pour le LCR; prélèvement vaginal; pus urétral.
Il existe un examen spécial pour les mycobactéries car elles prennent peu la coloration de gram car elles sont riches en AG donc utilisation de la coloration Ziehl-Neelsen.
Parasito-Myco :
Etat frais systématique est réalisé pour tous les prélèvements de mycologie.
Permet d'avoir un diagnostic lgtps avant la culture.
Examen direct obligatoire pour le paludisme
Pour l'examen parasitologique des selles, il n'y a pas besoin de coloration.
Viro : on ne fait PAS d'examen direct car trop petit :
Pour tous les agents infectieux, la positivité d'un examen direct, test Ag et d'une PCCR ne permet pas d'affirmer que l'agent identifié est vivat.
Seule la culture microbiologique et la mobilité le permettra.
Culture des agents infectieux en bactério-myco :
Bactério :
Objectif : identifier tous les agents infectieux potentiellment pathogènes dans un échantillon.
En 1er examen direct puis après culture.
Avantage : technique avec spectre le plus large par rapport à la recherche d'Ag ou PCR
Inconvénients : long et fastidieux
Principe : ensemencement de plusieurs géloses ou bouillons et incubations à des T° et atmosphères différentes.
Délai de réponse : au min 24h jusqu'à 2mois.
J0 : ensemencement sous PSM. Après 24h, on va voir des colonies bactériennes donc lecture gélose après coloration.
J1 relecture des géloses, réalisation antibiogramme mais que sur colonies isolées !
J2 : lecture des antibiogrammes
J3 : lecture des CMI
J5 à 2mois : lecture des géloses ou bouillons pour germe à croissance plus lente
Ca ne sert à rien de demander un résultat d'antibiogramme à 24h !!!!
Myco :
Milieux spécifiques où il y aura des ATB en plus, pour permettre seulement aux levures et moisissures de pousser.
On doit faire une prescription séparée.
Inconvénient : pousse trèèèèès lentement, anti-fongigramme encore plus lent.
Indications : ID; gravité ou absence d'amélioration sous ATB; étiologie fongique fortement probable.
Viro-Parasito : ON NE CULTIVE PAS !
Cas difficile en bactério-viro-parasito-myco :
Il existe des PCR qui peuvent identifier tous les agents infectieux qui pourraient être dans un prélèvement issu d'un organe stérile = PCR ADN 16S en bactério et PCR ADN18S en myco pour tous les champignons et un Ag béta-D-Glucan pour tous (sauf mucorales et cryptocoque).
Les virus n'ont pas d'ARN ribosomal car ils utilisent celui de la cellule => virus=aucun gènes commun, donc pas de PCR virale universelle !
Indications: limitées et justifiées. + coût élevé.
Sérologie en bactério-viro-parasito-myco :
Sérologie = mesure de la réponse humorale, c'est un diagnostic indirect, on va chercher les Ac.
Utile pour l'infection passée.
Sérologie = rétrospectif sauf syndrome mononucléosique (Ac présent au moment des symptômes).
3 phases dans l'infection :
Rencontre avec AP, c'est le contage.
15j après IgM à décroissance progressive.
Puis IgG toute notre vie.
Fenêtre d'environ 2 semaines où l'on voit rien.
On privilégie le diagnostic direct dans la phase aigue de l'infection.
Sérologie ne permet pas de différencier infection active et cicatrice sérologique.