Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
BioinformaticsBLAST, น.ส.สุนิสา คำนา 6604071630462 - Coggle Diagram
BioinformaticsBLAST
ผลลัพธ์ของ BLAST
Raw score
ค่าคะแนนการจับคู่ (ยิ่งสูงยิ่งดี)
E-value (Expect value)
ความน่าจะเป็นที่ผลลัพธ์จะเกิดจากความบังเอิญ (ยิ่งต่ำยิ่งดี)
List of alignments
การจับคู่ของลำดับที่คล้ายกัน
ความหมายของ BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool)
เป็นเครื่องมือทางชีวสารสนเทศ (Bioinformatics Tool) ที่ใช้ในการเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ (DNA/RNA) หรือ กรดอะมิโน (โปรตีน) กับฐานข้อมูล (Database) เพื่อหาความคล้ายคลึงกันของลำดับ
จุดเด่นของ BLAST
รวดเร็ว (Fast)
แม่นยำ (Accurate)
เข้าถึงง่าย
มีความสมดุลระหว่าง ความไว (sensitivity) และ ความเร็ว (speed)
ผลลัพธ์มีความน่าเชื่อถือและปรับแต่งพารามิเตอร์ได้
ประเภทของโปรแกรม BLAST
BLASTN
การเปรียบเทียบ DNAกับDNA เช่น การทำ genome mapping หรือ annotate UTR
BLASTP
ศึกษาความเหมือนของโปรตีน (Protein homology) เช่น การหาหน้าที่ของโปรตีน
BLASTX
แปล query 6 frame ค้นหาโปรตีนที่รหัสโดยยีนใน DNA
TBLASTN
แปล database 6 frame หา DNA ที่อาจสร้างโปรตีนนั้น
เหตุผลที่ต้องใช้ BLAST
ค้นหาความเกี่ยวข้องของยีนหรือโปรตีน
ระบุ homologous, orthologous, paralogous, analogous genes
ค้นพบยีนหรือโปรตีนใหม่
วิเคราะห์ SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
ศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน
ความหมายของประเภทของยีน
Homologous genes
ยีนที่มีต้นกำเนิดร่วมกัน (มีความคล้าย
กันทางวิวัฒนาการ)
Orthologous genes
ยีนที่อยู่ในสิ่งมีชีวิตต่างชนิดกัน แต่มี
บรรพบุรุษร่วมและทำหน้าที่คล้ายกัน
Paralogous genes
ยีนที่เกิดจากการจำลองซ้ำ (duplication) ภายในสิ่งมีชีวิตเดียวกัน ทำหน้าที่ต่างกัน
Analogous genes
ยีนที่มีหน้าที่คล้ายกัน แต่ไม่มีบรรพบุรุษร่วม (เกิดจากวิวัฒนาการแบบ convergent)
ขั้นตอนการใช้ BLAST
Step 1: เลือกลำดับ (Query Sequence)
Step 2: เลือกโปรแกรม BLAST ที่เหมาะสม
Step 3: เลือกฐานข้อมูล (Database)
Step 4: ตั้งค่าพารามิเตอร์เพิ่มเติม (Optional Parameters)
น.ส.สุนิสา คำนา 6604071630462