Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
BLAST, ดาวน์โหลด, ดาวน์โหลด (1), ดาวน์โหลด (2), ดาวน์โหลด (3),…
BLAST
Workflow การใช้ BLAST
-
Select BLAST program → เลือก BLASTN, BLASTP, BLASTX ฯลฯ ตามประเภทข้อมูล
Select Database → เช่น nr (non-redundant), dbest, dbsts, gss, htgs
Set Parameters → Alignment view, Descriptions, Filters
Run BLAST → วิเคราะห์ผลลัพธ์ Raw score, E-value และดู alignment
Key Concepts
-
-
-
-
Medical Bioinformatics → ใช้ BLAST เพื่อค้นหายีน/โปรตีนเกี่ยวกับโรค พัฒนาเทคโนโลยีวินิจฉัย และออกแบบยาหรือวัคซีน
BLAST Output
1.Descriptions
เป็นหน้าแรกที่สรุปผลลัพธ์การค้นหาแบบ ตารางลิสต์ (Hit Table)
แต่ละแถวคือ ลำดับ (Subject) ที่พบว่ามีความคล้ายกับลำดับที่เราส่งไป (Query)
-
2.Graphic Summary
เป็นการแสดงผลลัพธ์แบบ กราฟิก (แถบสี) เพื่อดูตำแหน่งการจับคู่ของลำดับใน Query แต่ละแถบสีคือ hit ที่พบในฐานข้อมูล และจัดเรียงตาม คะแนน (Score) หรือ E-value
-
ใช้ประโยชน์เพื่อดูภาพรวมว่า Query ของเรามีการจับคู่กับลำดับอื่นๆ ในตำแหน่งใด และจำนวน match มากน้อยเพียงใด
3.Alignments
-
สัญลักษณ์ที่ใช้บ่อย
- | หรือ :/ → ตรงกันหรือใกล้เคียง
- ช่องว่าง (–) → ช่องโหว่ (gap)
สามารถใช้ดูได้ว่าบริเวณใดของ Query จับคู่กับ Subject อย่างละเอียด เพื่อประเมินความเชื่อถือได้หรือหาส่วนที่คล้ายกันจริง ๆ
4.Taxonomy
จัดกลุ่มผลลัพธ์ตาม หมวดหมู่ทางอนุกรมวิธาน (Taxonomy) เช่น สายพันธุ์ (species), สกุล (genus) หรือกลุ่มสิ่งมีชีวิต
-
เหมาะสำหรับงานที่ต้องการดูว่าลำดับที่เจอเป็นของสิ่งมีชีวิตใด เพื่อทำการจำแนกสายพันธุ์หรือศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ
Introduction
BLAST คืออะไร
ย่อมาจาก Basic Local Alignment Search Tool ใช้เปรียบเทียบลำดับ DNA, RNA หรือโปรตีน กับฐานข้อมูลขนาดใหญ่ เพื่อหาความคล้ายคลึงกันในบางช่วง (local alignment)
จุดเด่น
- ทำงานเร็วและแม่นยำ
- ใช้ได้ทั้งบนเว็บและโปรแกรม
- ยืดหยุ่นในการปรับพารามิเตอร์
- ไม่จำกัดตำแหน่งที่ต้องตรงกันทั้งหมด (ไม่ใช่ global alignment)
Applications of BLAST
- ระบุ homologous / orthologous / paralogous genes
- ค้นหายีนหรือโปรตีนใหม่ในจีโนมหรือข้อมูล RNA-Seq
- หาตัวแปรหรือ variants ของยีน/โปรตีน
- วิเคราะห์ ESTs (Expressed Sequence Tags)
- ศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนเพื่อเชื่อมโยงกับงานวิจัยทางการแพทย์
-
-
-
-
-
