Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Bioinformatic : BLAST, :red_flag:, คะเเนนสูง sequence ดี ผลลัพธ์ที่ได้ดี …
Bioinformatic : BLAST
BLAST Program
BLASTN
- ลำดับที่ใช้ค้นหา (query) เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์
- ฐูานข้อมูลที่ใช้ค้นหา (database) เป็นฐานข้อมูลของลำดับนิวคลีโอไทด์
- ไม่มีการเปลี่ยนเเปลงลำดับ ของทั้ง query หรือฐานข้อมูล
-
BLASTP
- query เป็นลำดับกรดอะมิโน
- ฐานข้อมูลที่ใช้ค้นหา เป็นฐานข้อมูลข้อมูลของกรดอะมิโน
- ไม่มีการเปลี่ยนเเปลงลำดับ ของทั้ง query หรือฐานข้อมูล
-
BLASTX
- query เป็นลำดับกรดอะมิโน
- ฐานข้อมูลที่ใช้ค้นหาเป็น ฐานข้อมูลของกรดอะมิโน
- ลำดับนิวคลีโอไทด์ของ query จะถูก translate ออกมาในทั้ง 6 reading frames แล้วนำผลที่ได้ไปค้นหาในฐานข้อมูลโปรตีน
-
TBLASTN
- query เป็นลำดับกรดอะมิโน
- ฐานข้อมูลที่ใช้ค้นหา เป็นฐานข้อมูลข้อมูลของนิวคลีโอไทด์
-
-
-
-
Applications
- การะบุหายีนที่มีความสัมพันธ์กัน เช่น homologous genes (มีต้นกำเนิดร่วมกัน) , orthogous genes (สิ่งมีชีวิตต่างชนิดที่มาจากบรรบุรุษเดียวกัน) , paralogous genes (ยีนที่เกิดจากการ duplication ภายในสิ่งมีชีวิตเดียวกัน และanalogous genes (ยีนทำหน้าที่คล้ายกันเเต่มีต้นกำเนิดต่างกัน)
- ค้นพบยีนใหม่หรือโปรตีนใหม่
- ค้นพบความหลากหลายของยีนหรือโปรตีน
- วิเคราะห์ ESTs
- สำรวจโครงสร้างเเละหน้าที่โปรตีน
-
- คะเเนนสูง sequence ดี ผลลัพธ์ที่ได้ดี
- ขึ้นอยู่กับความยาวของลำดับ sequence
- ค่ายิ่งน้อย ยิ่งดี
- ไม่ขึ้นอยู่กับความยาวของ sequnceหรือขนาดของฐานข้อมูล
รายการของ การจัดเรียงลำดับ (alignments) ที่แสดงว่าลำดับ query จับคู่กับลำดับในฐานข้อมูลตรงส่วนใดบ้าง
-
-
-