Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
BLAST - Coggle Diagram
BLAST
ประเภทของ BLAST
-
-
-
3.BLASTX : เปรียบเทียบลำดับการสอบถามนิวคลีโอไทด์กับฐานข้อมูลลำดับของโปรตีนโดยแปลลำดับจาก six-frame translation และจัดตำแหน่งให้ตรงกับลำดับโปรตีน
4.TBLASTN : เปรียบเทียบลำดับการสอบถามโปรตีนกับฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์โดยการแปลลำดับนิวคลีโอไทด์จาก six-frame translation และจัดเรียงให้ตรงกับลำดับโปรตีน
5.TBLASTX : เปรียบเทียบลำดับการสอบถามนิวคลีโอไทด์กับฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์โดยการแปลลำดับ six-frame translation และจัดเรียงให้ตรงกับลำดับนิวคลีโอไทด์
-
ขั้นตอนการ BLAST
วิธีการทำงาน BLAST ทำงานโดยการเปรียบเทียบลำดับคิวรีกับฐานข้อมูลของลำดับต่างๆ เพื่อค้นหาพื้นที่ที่มีความคล้ายคลึงกันแโดยวิธี ฮิวริสติก เพื่อค้นหาความคล้ายคลึงกันในฐานข้อมูลทำให้การทำงานรวดเร็วและมีประสิทธิภาพมากขึ้น BLAST ผ่านลำดับขั้นตอนต่อไปนี้
ขั้นที่1. สร้างตารางค้นหาหรือรายการคำจากลำดับคิวรี ขั้นแรก BLAST จะนำลำดับคิวรีมาแบ่งออกเป็น segment สายสั้นๆ ที่เรียกว่าลำดับโปรตีน ซึ่งแต่ละคำจะมีความยาวสามกรดอะมิโน และสำหรับ ลำดับดีเอ็นเอ แต่ละคำจะมีความยาว 11 นิวคลีโอไทด์
ขั้นที่2.เป็นการหาฐานขอมูลของลำดับเบสที่รู้จัก เพื่อค้นหาลำดับใดๆที่มีคำเดียวกันกับลำดับที่ค้นหา ซึ่งทำเพื่อระบุลำดับฐานข้อมูลที่มีคำที่ตรงกัน
ขั้นที่3. จากนั้นทำ BLAST จะให้คะแนนความคล้ายคลึงของคำที่ตรงกัน การจับคู่คำจะถูกให้คะแนนโดยเมทริกซ์การแทนที่ ที่กำหนด หากคำมีค่าสูงกว่าเกณฑ์ที่กำหนด จะถือว่าตรงกัน
ขั้นที่4. เกี่ยวข้องกับการจัดเรียงแบบคู่โดยการขยายคำในทั้งสองทิศทาง พร้อมนับคะแนนการจัดตำแหน่งโดยใช้เมทริกซ์การแทนที่เดียวกัน หากคะแนนลดต่ำกว่าเกณฑ์ที่กำหนดเนื่องจากความแตกต่างในลำดับหรือความไม่ตรงกัน การจัดตำแหน่งจะหยุดลง คู่ segment ที่จัดเรียงแล้วโดยไม่มีช่องว่าง เรียก คู่ segment ที่มีคะแนนสูง
การประยุกต์ใช้
1.สามารถใช้เพื่อระบุลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ไม่รู้จักได้โดยการเปรียบเทียบกับลำดับที่ทราบในฐานข้อมูลซึ่งช่วยในการคาดการณ์หน้าที่ของโปรตีนหรือยีน
2.สามารถใช้ในการวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการซึ่งมีความสำคัญต่อการทำความเข้าใจความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการระหว่างสายพันธุ์ต่างๆ
3.สามารถใช้เพื่อระบุโดเมนที่ได้รับอนุรักษ์ไว้ตามหน้าที่ภายในโปรตีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการคาดการณ์หน้าที่ของโปรตีน
-