Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), ณัฐมน ส้มแก้ว Nattamon_017_03 …
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
BLAST คืออะไร?
• เครื่องมือเปรียบเทียบลำดับชีวภาพ
• เร็ว, แม่นยำ, ใช้งานผ่านเว็บ
• จุดเด่น: สมดุลระหว่าง sensitivity และ speed
ประเภท
BLASTN
• DNA → DNA
• ใช้หา homology, mapping oligos,annotate UTR
BLASTP
• Protein → Protein
• ใช้หา homology, ทำนายหน้าที่, ค้นหา gene ใหม่
BLASTX
• DNA → Protein (แปล 6 frames)
• ใช้หา gene, annotate ESTs, วิเคราะห์ RNA-Seq
TBLASTN
• Protein → DNA (แปล 6 frames)
• ใช้ mapping โปรตีนกับ genome, ค้นหา ESTs
TBLASTX
• DNA → DNA (แปลทั้งคู่เป็นโปรตีน)
• ใช้ค้นหา coding regions, comparative genomics
Output
• รายการลำดับที่ตรงกัน
• Raw score (สูง = ดี)
• E-value (ต่ำ = ดี)
• Alignments แสดงการจับคู่
ประโยชน์
• ค้นหา homologous / orthologous / paralogous / analogous genes
• ค้นพบยีนหรือโปรตีนใหม่
• วิเคราะห์ variants ของยีน/โปรตีน
• วิเคราะห์ข้อมูล ESTs, RNA-Seq
• ศึกษาโครงสร้างและหน้าที่โปรตีน
ขั้นตอนการทำ BLAST
เลือกลำดับ (Query) → FASTA หรือ accession number
เลือกโปรแกรม BLAST → blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx
เลือกฐานข้อมูล → nr, dbEST, dbSTS, gss, htgs
ตั้งค่าพารามิเตอร์เพิ่มเติม → E-value, alignment view, จำนวนผลลัพธ์
กด BLAST เพื่อเริ่มการวิเคราะห์
ณัฐมน ส้มแก้ว
Nattamon_017_03