Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
BioinformaticsBLAST, เครื่องมือวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ (Bioinformatics…
BioinformaticsBLAST
BLASTP
-
-
เปรียบเทียบลำดับโปรตีน (amino acid) กับฐานข้อมูลโปรตีน (เช่น nr, swissprot, refseq_protein)
ใช้ระบุหน้าที่ (Function) ของโปรตีนที่ไม่รู้จัก, หาคู่ฮอโมโลกัส (Homologous) หรือออร์โธโลกัส (Orthologous) ในสิ่งมีชีวิตอื่น
BLASTX
-
-
โปรแกรมจะทำการ แปล (Translate) ลำดับนิวคลีโอไทด์ Query ออกเป็นลำดับโปรตีนใน 6 เฟรมการอ่าน (Reading Frames: 3 เฟรมในสายดีเอ็นเอปกติ และ 3 เฟรมในสายคู่สม (Reverse Complement)) จากนั้นจึงนำลำดับโปรตีนทั้ง 6 นี้ไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลโปรตีนด้วยหลักการของ BLASTP
ใช้ระบุผลิตภัณฑ์ของยีน (Gene Product) หรือยีนใหม่, ตรวจสอบคุณภาพลำดับจาก cDNA หรือ EST
TBLASTN
-
ใช้เมื่อคุณมีลำดับโปรตีนที่สนใจ (เช่น โปรตีนของสิ่งมีชีวิตหนึ่ง) และต้องการค้นหาว่ามี ยีน (DNA) ที่อาจจะเข้ารหัสโปรตีนนั้น ๆ หรือโปรตีนที่คล้ายคลึงกันในฐานข้อมูลนิวคลีโอไทด์หรือไม่
ใช้เพื่อค้นหายีนที่เกี่ยวข้องในฐานข้อมูลจีโนม (Genomic Database), ค้นหายีนในลำดับจีโนมที่ยังไม่มีการระบุ (Unannotated Genome)
โปรแกรมจะทำการ แปล (Translate) ฐานข้อมูลนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดออกเป็นลำดับโปรตีนใน 6 เฟรมการอ่าน จากนั้นจึงนำลำดับโปรตีน Query ของเราไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลโปรตีนที่ถูกแปลแล้วเหล่านี้ด้วยหลักการของ BLASTP
BLASTN
-
-
เปรียบเทียบนิวคลีโอไทด์ (DNA/RNA) กับฐานข้อมูลนิวคลีโอไทด์ (เช่น nt, refseq_genomic)
-
เครื่องมือวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ (Bioinformatics tool) ที่ใช้ในการ เปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ (DNA/RNA sequence) หรือ ลำดับกรดอะมิโน (Protein sequence) กับฐานข้อมูลลำดับที่มีอยู่
-
-
การเปรียบเทียบโปรตีนมีความน่าเชื่อถือกว่าการเปรียบเทียบนิวคลีโอไทด์ เนื่องจากลำดับกรดอะมิโนมีอัตราการเปลี่ยนแปลงทางวิวัฒนาการที่ช้ากว่า และการกลายพันธุ์ของนิวคลีโอไทด์จำนวนมากเป็นแบบเงียบ (Silent Mutation) ซึ่งไม่ได้เปลี่ยนกรดอะมิโน
ช่วยให้การค้นหามีความไวสูงมาก เนื่องจากเป็นการค้นหาในพื้นที่ของโปรตีน ซึ่งลดผลกระทบของการกลายพันธุ์แบบเงียบ
มีประโยชน์อย่างยิ่งในการค้นหายีนจากฐานข้อมูลจีโนมที่อาจจะมีอินทรอน (Introns) และการกลายพันธุ์จำนวนมากที่ทำให้การค้นหาด้วย BLASTN ตรง ๆ ไม่ได้ผล
-