Đồng Nai có hệ sinh thái đa dạng gồm rừng, đất ngập nước và sông hồ, tạo môi trường thuận lợi cho nhiều loài động, thực vật. Hệ thực vật phong phú với hơn 1.400 loài, nhiều loài quý hiếm như gõ đỏ, cẩm lai, giáng hương. Hệ động vật gồm hơn 2.200 loài, trong đó nhiều loài quý hiếm như voi châu Á, bò tót, chà vá chân đen, cùng nhiều thủy sản giá trị kinh tế và khoa học.