Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Bioinformatics, Nucleotide BLAST(BLASTN) -BLASTX -tblastn -Protein BLAST…
Bioinformatics
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) คือ เครื่องมือใช้ในการเปรียบเทียบลำดับ DNA หรือ amino acid นิยมใช้มี 4 program สร้างการจัดตำแหน่งเฉพาะที่ : ระยะความคล้ายคลึงกันที่สั้นและสำคัญ โดยไม่คำนึงถึงตำแหน่ง
BLASTN คือ แบบสอบถามเป็นลำดับนิวคลีโอไทด์ ฐานข้อมูลเป็นฐานข้อมูลนิวคลีโอไทด์ ไม่มีการเปลี่ยนแปลงใดๆ บนแบบสอบถามหรือฐานข้อมูล
-
ทำไมถึงใช้ BLAST ?
BLAST การค้นหาเป็นสิ่งสำคัญพื้นฐานในการทำความเข้าใจความสัมพันธ์ของลำดับการค้นหา query sequence กับ โปรตีน หรือ DNA sequence
การประยุกต์ใช้ - การระบุยีนที่คล้ายคลึงกัน - การค้นพบยีนหรือโปรตีนใหม่ๆ - การค้นพบยีนหรือโปรตีนที่หลากหลาย - การตรวจสอบแท็กลำดับที่แสดงออก (ESTs) - การสำรวจโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน
BLASTP คือ แบบสอบถามเป็นลำดับกรดอะมิโน ฐานข้อมูลเป็นฐานข้อมูลกรดอะมิโน ไม่มีการแปลงแบบสอบถามหรือฐานข้อมูล
-
BLASTX คือ แบบสอบถามเป็นลำดับนิวคลีโอไทด์ ฐานข้อมูลเป็นฐานข้อมูลกรดอะมิโน กรอบการอ่านทั้งหกกรอบจะถูกแปลบนแบบสอบถามและใช้เพื่อค้นหาฐานข้อมูล
Coding nucleotide seq : Protein homology คือ การค้นพบยีนในดีเอ็นเอจีโนม การอธิบาย ESTs และ ทรานสคริปต์ที่ประกอบขึ้นจากข้อมูล RNA-seq
BLAST output
รายการลำดับคะแนน - Raw score ยิ่งสูงยิ่งดี, ขึ้นอยู่กับความยาวที่จัดเรียง - Expect Value (E-value) ยิ่งเล็กยิ่งดี, ไม่ขึ้นอยู่กับความยาวและขนาดฐานข้อมูล ผลของโปรแกรมในรูป alignment
-
- Nucleotide BLAST(BLASTN) -BLASTX -tblastn -Protein BLAST (BLASTP)
-
-
-
- ฐานข้อมูลปรับเปลี่ยนได้ตามเหมาะสม
- เลือกลำดับ (query) = สามารถป้อนลำดับในรูปแบบ FASTA หรือ เป็นหมายเลขเข้าถึง
-
-
-
- เลือกพารามิเตอร์การค้นหาเพิ่มเติม
