Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Transcriptome Sequencing, ❗️ข้อสรุป - Coggle Diagram
Transcriptome Sequencing
เทคโนโลยีการ Sequencing
Sanger sequencing
พื้นฐาน ใช้ dideoxy chain termination
แม่นยำ แต่ throughput ต่ำ
Next-Generation Sequencing (NGS)
High-throughput, แม่นยำ, ราคาถูกกว่า
Illumina / SOLiD / 454 sequencing
อาศัยการขยาย DNA (PCR amplification)
Third-Generation Sequencing (TGS
)
Long-read, Single-molecule sequencing
PacBio, Oxford Nanopore
อ่าน real-time, ไม่ต้อง PCR
Transcriptome Sequencing (RNA-Seq)
ศึกษา transcriptome (RNA ทั้งหมดในเซลล์/เนื้อเยื่อ)
ทำไมต้องศึกษา
เข้าใจการแสดงออกของยีน (Gene expression)
ค้นหา alternative splicing, novel transcripts, fusion genes
เทคโนโลยี
Short-read (Illumina) → ปริมาณ, DEGs
Long-read (PacBio, Nanopore) → isoform discovery, splicing, base modification
Single-cell RNA-Seq (10x Genomics, SMART-seq) → วิเคราะห์รายเซลล์
วิธีเลือก Transcriptome Sequencing
เป้าหมาย
Expression profiling
Isoform detection
Alternative splicing
Single-cell analysis
ตัวอย่างและคุณภาพ
Total RNA vs mRNA
RIN score > 7.0
Read length
Short-read: 75–150 bp
Long-read: >10 kb
งบประมาณและเวลา
Short-read = ถูกกว่า, เร็วกว่า
Long-read = แพงกว่า, ข้อมูลเชิงลึกกว่า
ประเภทของ Transcriptome Sequencing
Whole / mRNA-focused RNA-Seq
Small RNA sequencing
Long non-coding RNA sequencing
Prokaryotic vs Eukaryotic RNA sequencing
Bioinformatics & Applications
Bioinformatics output
Differential gene expression (DEGs) → Volcano plot
GO classification
KEGG pathway annotation
Hierarchical clustering
การประยุกต์
Gene expression analysis
Non-coding RNA analysis
มะเร็งวิจัย (cancer biomarkers)
Drug discovery
❗️ข้อสรุป
เลือกเทคโนโลยีให้เหมาะกับวัตถุประสงค์
เตรียมตัวอย่างให้มีคุณภาพ
ตรวจสอบคุณภาพ RNA/DNA ก่อนส่ง