Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Transcriptome sequencing (RNA-seq), นางสาว ชนาพร ช่วยทอง 6604071630071 -…
Transcriptome sequencing (RNA-seq)
การศึกษาระบบการเเสดงออกของยีน เป็นการศึกษา complete set ของ RNA ที่มีการเเสดงออกในเซลล์หรือเนื้อเยื่อ ณ ช่วงเวลาหนึ่ง ภายใต้สภาวะต่างๆ
ทำไมถึงต้องศึกษา Transcriptome?
เพื่อเข้าใจการเเสดงออกของยีน
เพื่อระบุความเเตกต่างของการเเสดงของยีน ว่ายีนเเสดงออกมากขึ้นหรือน้อยลง
เพื่อตรวจหา Alternative splicing , Novel transcripts , Fusion genes
Transcriptome Sequencing Technologies
RNA-Seq
(Next-Generation Sequencing)
Short-read sequencing (เช่น illumina)
ความเเม่นยำสูง ความถูกต้องในการอ่านลำดับเบส และ ความสามารถในการอ่านข้อมูลจำนวนมากได้ในเวลาเดียวกัน
เหมาะกับ การวัดปริมาณแแสดงออกของยีน และ การหาความเเตกต่างของการแสดงออกของยีน ระหว่าง 2 เงื่อนไขขึ้นไป
Long-read Sequencing
PecBio lso-Seq
Full-length transcript สามารถอ่าน transcript เต็มโดยตรง ไม่ต้องต่อ read
เหมาะกับ isoform discovery , splicing
Oxford Nanopore Direct RNA-Seq
เหมาะกับ อ่านลำดับเบส RNA ดั้งเดิมโดยไม่ต้องย้อนกลับเป็น cDNA และดูการดัดเเปลงเบส
ปัจจัยการเลือกเทคนิค Transcriptome sequencing
วัตถุประสงค์ว่าต้องการรู้อะไร
Gene expression profiling
Novel isoform detection
Alternative splicing analysis
Single-cell analysis
ชนิดเเละคุณภาพของตัวอย่าง
Total RNA vs mRNA
Quality control (RIN score) ถ้า Long-read คุณภาพของ RNA ต้องสูง
Tissue vs single-cell
Read length
Short-read 75-150 bp
Long-read >10 kb
Cost and Time
Short-read lower cost , faster
Long-read higher cost , richer data
Method RNA-seq
RNA Extraction
cDNA Synthesis
Library Preparation
Sequencing
Data Analysis
1.Fragmentation ตัดชื้นส่วน RNA ให้เป็นชิ้นเล็กๆ 2.Adaptor Ligation ติด adapter กับชิ้นส่วน RNA จากนั้น Amplification เพื่อเพิ่มจำนวน
Reverse transcriptiase RNA to cDNA
การทำ transcriptome sequencing ครอบคลุมในการวิเคราะห์โมเลกุล RNA หลากหลายชนิด ครอบคลุมทั้ง RNA ที่เข้ารหัสโปรตีน (mRNA) และ RNA ที่ไม่เข้ารหัสโปรตีน (lncRNA, circRNA, และ miRNA)
mRNA Sequencing: coding transcription in cell
Whole Trascriptome Sequencing : all transcripts in cell
นำไปประยุกต์ใช้
Gene Expression Analysis : ยีนเเสดงออกมากหรือเเสดงออกน้อยลง
Differential Gene Expression : เปรียบเทียบการเเสดงออกของยีนระหว่างกลุ่ม
Non-coding RNA Analysis : บทบาทในการควบคุมยีน
Cancer Research : ค้นหายีนเกี่ยวข้องกับมะเร็ง เเละเป็น biomarker
Drug Discovery : หายีนเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับโรค เพื่อพัฒนาเป็นยาใหม่
นางสาว ชนาพร ช่วยทอง 6604071630071