Penyebaran fauna di Indonesia dipengaruhi oleh faktor geografis dan geologis, membaginya menjadi tiga wilayah utama. Berdasarkan teori para ahli zoologi, fauna Indonesia bagian barat (Sumatera, Jawa, Kalimantan, Bali) memiliki kemiripan dengan fauna Asia (tipe Asiatis) dan dibatasi oleh garis Wallace. Sementara itu, fauna Indonesia bagian timur (Papua dan sekitarnya) memiliki kemiripan dengan fauna Australia (tipe Australis) dan dibatasi oleh garis Lydekker. Di antara kedua garis tersebut, terdapat kawasan peralihan (Wallacea) yang mencakup Sulawesi, Maluku, dan sekitarnya, di mana faunanya merupakan percampuran dari kedua tipe tersebut, seperti anoa dan komodo.