Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

NGS2024, Добавляем дегазацию - Coggle Diagram

- - - - :check: Ячейка 278 (11.06.25)
        
        Фермент - KTN
        
        Денатурация - NaOH
        
        Посадка - temp
        
        Скорость - 1ul/sec
        
        Смена растворов - нет
        
        Акриламид - нет
        
        Дегазация - нет
        
        50 циклов, Td=60, Ta=30, Te=42
        Результат: единичные кластеры, возможно имеет смысл поставить больше циклов
        
        :timer_clock: Ячейка (дата)
        Аналогичная постановка с большим количеством циклов?
  - - - :check: Ячейка 276 (21.05.25)
        
        Фермент - KTN
        
        Денатурация - NaOH
        
        Посадка - temp
        
        Скорость - 1ul/sec
        
        Смена растворов - да
        
        Акриламид - нет
        
        Дегазация - нет
        
        100 циклов
        Берём за референс
        
        :check: Ячейка 285 (24.07.25)
        Полностью аналогичный 276 протокол с ускоренной прокачкой (5ul/sec) на дегазированных растворах.
        Прибор не ушел на хранение, 8 часов на 60С с полимеразой.
        Результат: на интеркаляторе - все сильно заросшее. При проявке 123 миксом -кластеров как обычно, много переростков.
        
        :check: Ячейка 286 (28.07.25)
        Повтор запуска ПЯ285
        Результат: на интеркаляторе - все сильно заросшее. При проявке 123 миксом -кластеров мало, все переростки.
        
        :check: Ячейка 281 (31,07.2025)
        Повтор запуска ПЯ286, 50 циклов
        Результат:
        На интеркаляторе кластеры есть, неравномерно распределены и разных размеров. При линеаризации и проявке 123 миксом - практически ничего не видно.
        
        :check: Ячейка 277 (03.06.25)
        Отличия от 276 - 50 циклов, после окончания реакции хранилась при R/T
        Результат: неравномерная посадка, но кластеры есть
        
        :check: Ячейка 279 (25.06.25)
        Отличия от 276 - BST-фермент, прибор не ушёл на хранение
        Результат: фермент работает хорошо
        
        :check: Ячейка 444 (02.07.25)
        Отличия от 276 - наличие акриламида, толстый слой
        Результат: кластеры есть, в т.ч. переростки
        
        :check: Ячейка 456 (09.10.2025)
        Перестановка с более тонким слоем акриламида, 50 циклов
        Результат: кластеры есть, валидированы зондами 123
        
        :check: Ячейка 465 (16.10.2025)
        АА-паттерн, 6рМ, остальное - стандарт.
        Результат: кластеры есть, очень мало, после куся и 123 микса не визуализируются.
        
        :check: Ячейка 462 (22.10.2025)
        АА-паттерн, 60рМ, остальное - стандарт.
        Результат: кластеров мало, есть огромные размытые пятна, предположительно - кластеры. Частично сохраняются после 123 микса
        
        :check: Ячейка 280 (17.07.25)
        Отличия от 276 - увеличена скорость прокачки (5ul/sec), первичная денатурация ампликона в формамиде, формамид не фильтровали, библиотеки 60пМ, полимеразы а 4 раза больше
        Результат: есть кластеры, довольно много, у края канала всё хуже
        
        :check: Ячейка 282 (07.08.2025)
        Формамидная посадка в с/у
        Результат: кластеров много, выглядит хорошо
        
        :timer_clock: Ячейка (дата)
        Формамидная посадка с уменьшенным количеством циклов (30?)
        
        :check: Ячейка 289 (14.08.2025)
        Формамидная посадка с 0.6pM ампликона
        Результат:
        
        :check: Ячейка 290 (17.08.2025)
        Формамидная посадка с 40рМ ампликона
        Результат: кластеров меньше, чем при 6рМ
        
        :check: Ячейка 291 ()
        Повтор запуска 40рМ
        Результат: тот же - кластеров мало
        
        :check: Ячейка 296 (22.09.25)
        Формамидная посадка 6рМ (повтор яч. 282). Валидация Кластеров нет...
        
        :check: Ячейка 300 (07.11.25)
        Повтор запуска 280
        Результат: центр канала - единичные кластеры; в сторону от центра - множество кластеров; микс 123 не подтвердил наличие специфических кластеров.
        Есть подозрения на проблемы со 123 миксом - в процессе проработки.
      - Узкие ячейки
        
        :timer_clock: Ячейка (дата)
        Первая прикидочная постановка - надеемся увидеть динамику
        
        :timer_clock: Ячейка (дата)
        Постановки с денатурацией в формамиде, разными концентрациями ампликона и тд.
      - :timer_clock: Промывочная ячейка (25.07.25)
        Имитация прокачки библиотеки туда-сюда с целью улучшить заполняемость ячейки.