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genome editing 2 - Coggle Diagram
genome editing 2
nanopore sequencing
enzima: motore
membrana: percepisce elettricità
nanopore reader: svolge DNA
causa corrente diversa
legge interi cromosomi
errori più alti
ion torrent
aggiunta nucleotidi con corrente elettrica
rileva cambiamenti chimici
avvenuti in sintesi del DNA
usa CHPa semiconduttore
passaggi
libreria con adattatori
frammenti legati a bead e amplifica con PCR
bead in pozzetti di CMP semiconduttore
nucleotidi aggiunti
rilascia ioni H+ (varia pH)
sequenziamento sanger
aggiunta nucleotidi modificati (ddNTPs)
cosa ci serve
DNA stampo e polimerasi
primer
nucleotidi normali e marcati
passaggi
DNA incorpora nucleotidi
ddNTPs inserito
catena interrotta
frammenti lunghezza variabile
separati con elettroforesi
laser legge nucleotidi
costoso, lento
illumina sequencing
rileva singole basi
incoporati in filamenti DNA in crescita
passaggi
libreria (DNA sequenziare con adattatori)
legano a olinucleotidi grazie a bridge PCR
sequenziamento in parallelo
pac bio
sequenziamento a singola molecola
letture molto lunghe
utilizzo fluorescenza
RNA sequencing
analizza interno insieme molecole di RNA
passaggi
estrazione RNA tot
conversione in cDNA grazie trascrittasi inversa
libreria con adattameri
tecnica next sequencig generation
atac sequencing
mappa regioni del genoma