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(DNA与染色体) - Coggle Diagram

- - - - 组蛋白八聚体
        
        H2A-H2B二聚体 ×2
        
        H3-H4四聚体 ×1
      - DNA缠绕：147bp/圈，1.65超螺旋
      - 连接DNA：10-80bp (H1结合位)
    - - 30nm纤维
        
        螺线管模型：6核小体/圈
        
        锯齿模型：Z字形折叠
      - 染色质环
        
        CTCF/黏连蛋白锚定
        
        拓扑关联域(TADs)
    - - 染色体骨架(Scaffold)
      - 放射环模型：MAR/SAR锚定
      - 染色体疆域(Chromosome Territory)
  - - - DNA修饰
        
        甲基化(5mC)：CpG岛
        
        羟甲基化(5hmC)
        
        去甲基化路径
      - 组蛋白修饰
        
        乙酰化(H3K9ac)：激活
        
        甲基化(H3K4me3激活, H3K27me3抑制)
        
        磷酸化(Ser10, DNA损伤)
    - - SWI/SNF家族：滑动核小体
      - ISWI家族：核小体间距调控
      - CHD家族：组蛋白变体置换
    - - Xist RNA (X染色体沉默)
      - 端粒RNA (TERC)
      - 着丝粒RNA (Centromeric RNA)
  - - - 半保留复制
      - 复制机器
        
        解旋酶(Helicase)
        
        引物酶(Primase)
        
        DNA聚合酶(Pol δ/ε)
        
        滑动夹(PCNA)
    - - BER：碱基切除修复
      - NER：核苷酸切除修复
      - DSBR：双链断裂修复
        
        同源重组(HR)
        
        非同源末端连接(NHEJ)
    - - V(D)J重组 (免疫多样性)
      - 转座子机制
        
        DNA转座子("剪切-粘贴")
        
        逆转录转座子("复制-粘贴")
  - - - 类核结构(Nucleoid)
      - HU蛋白压缩DNA
      - 环状DNA拓扑域
    - - 线粒体DNA(mtDNA)
        
        母系遗传
        
        高突变率
      - 叶绿体DNA(cpDNA)
    - - BAC：细菌人工染色体
      - YAC：酵母人工染色体
      - HAC：人类人工染色体
  - - - 含氮碱基
        
        嘌呤：腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)
        
        嘧啶：胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)、尿嘧啶(U)
      - 戊糖：脱氧核糖(DNA) vs 核糖(RNA)
      - 磷酸基团：磷酸二酯键
    - - Watson-Crick模型
        
        反向平行链
        
        碱基互补配对：A=T (2氢键), G≡C (3氢键)
        
        大沟(major groove)与小沟(minor groove)
      - 构象变体
        
        B-DNA (标准右旋)
        
        A-DNA (脱水右旋)
        
        Z-DNA (左旋，CpG岛)
  - - - 中着丝粒(Metacentric)
      - 亚中着丝粒(Submetacentric)
      - 端着丝粒(Telocentric)
      - 近端着丝粒(Acrocentric)
    - - 着丝粒(Centromere)
        
        CENP-A组蛋白变体
        
        动粒(Kinetochore)组装位点
      - 端粒(Telomere)
        
        TTAGGG重复序列
        
        端粒酶(Telomerase)机制
      - 核仁组织区(NOR)：rRNA基因簇
  - - - 荧光原位杂交(FISH)
      - 染色质构象捕获(3C/Hi-C)
      - 冷冻电镜(cryo-EM)核小体结构
    - - ChIP-seq：蛋白-DNA互作
      - ATAC-seq：开放染色质
      - 端粒长度测序(TelSeq)