Se exponen con claridad los mecanismos mediante los cuales se estructuró la dominación colonial en Guatemala, destacando la evolución de la encomienda, el papel de los encomenderos y corregidores, la función del sínodo y la evangelización, así como la participación de los criollos en las estructuras burocráticas locales. La encomienda primitiva otorgó a los conquistadores el control directo sobre comunidades indígenas, consolidando un sistema económico basado en la explotación. Con el tiempo, las reformas impuestas por la Corona derivaron en una nueva encomienda, que formalmente limitaba el poder de los encomenderos pero que en la práctica conservó su esencia. Los corregidores, en lugar de proteger a los indígenas, frecuentemente reforzaron los abusos, y el repartimiento de indios perpetuó el uso forzado de mano de obra para fines privados. Paralelamente, el sistema religioso se articuló en torno al sínodo, que financiaba a los doctrineros encargados de la evangelización en pueblos de doctrina, pueblos de visita y reducciones, reforzando una doctrina de mansedumbre destinada a consolidar el orden colonial. En cuanto a la estructura administrativa, los criollos encontraron espacios de poder en instituciones como el ayuntamiento, mientras que la Audiencia continuaba representando los intereses de la Corona. Esta red institucional fortaleció el dominio criollo y marginó a las poblaciones indígenas en lo político, económico, cultural y religioso.
La continuidad de estas estructuras puede observarse en la actualidad. Por un lado, la desigualdad social y económica en Guatemala refleja la herencia del sistema colonial: la mayoría indígena sigue teniendo un acceso limitado a tierras, servicios básicos y participación política, mientras una minoría —descendiente o heredera de los grupos criollos— conserva posiciones privilegiadas. Por otro lado, la crisis de legitimidad de las instituciones estatales y la persistencia de redes de corrupción están ligadas al papel histórico de la burocracia colonial, que funcionaba más como un instrumento de control que como una instancia de representación. De este modo, tanto la desigualdad estructural como el debilitamiento institucional actual pueden entenderse como consecuencias de las bases coloniales que Martínez Peláez describe: un sistema fundado en la explotación del indígena, la concentración del poder en manos de una élite local y la instrumentalización de la religión y la ley para mantener el orden impuesto desde la conquista.