la interior sub formă de nuclei ( mase de substanță cenușie) care se clasifică în nuclei senzitivi, somatomotori, vegetativi, și nuclei proprii.
-nucleii senzitivi primesc impulsuri de la organele de simț (limbă, urechea, internă), tegumentul feței, mușchii capului.
-nucleii motori comandă mișcări ale mușchilor din regiunea feței, limbii, faringelui.
-nucleii vegetativi sunt centrii unor reflexe vegetative: salivar, lacrimal,gastrosecretor
-nucleii proprii sunt reprezentanți de centrii respiratori și cardiovasomotori
-toți nucleii trunchiului cerebral funcționează automat fiind coordonați de centrii din etajele superioare.