Příběh vypráví o tajemném muži, krysaři, který přichází do německého města Hammeln, aby za slibovanou odměnu vyhnal z města krysy pomocí kouzelné píšťaly. Slib splní, město je zbaveno krys, ale měšťané nechtějí zaplatit, čímž poruší smlouvu. Krysař se mezitím zamiluje do dívky jménem Agnes, která mu jako jediná projeví lidskost a pochopení.
Agnes je ale zasnoubena s Kristiánem, měšťanským pisálkem, který se k ní vrací a opět ji svede, čímž Agnes zrazuje krysařovu lásku. Tato zrada, spolu s chamtivostí a pokrytectvím obyvatel Hammelnu, vyvolá v krysaři hluboké zklamání a pocit, že svět si nezaslouží milost.
Zlomený a opuštěný se krysař rozhodne pomstít. Zahraje na svou píšťalu naposledy, ale melodie jeho píšťaly nevede tentokrát jen krysy, ale i lidi k smrti.
Výjimkou je jen jednoduchý člověk Sepp Jörgen, který díky své omezenosti nepochopil význam hudby a zůstal naživu. Agnes se ze zoufalství zabila, krysař zmizel a město Hammeln osiřelo.