Los microorganismos, como las bacterias fijadoras de nitrógeno o los hongos micorrízicos, ayudan a las plantas a acceder a nutrientes esenciales, como el nitrógeno y el fósforo, que no pueden absorber directamente del suelo.
Algunos microorganismos, como los hongos endófitos, pueden proteger a las plantas de enfermedades causadas por patógenos, como hongos y bacterias.
Los microorganismos pueden estimular el crecimiento de las plantas produciendo fitohormonas o aumentando la disponibilidad de nutrientes.
Los microorganismos contribuyen a la mejora de la estructura del suelo, lo que facilita el acceso de las raíces a los nutrientes y al agua.
Las raíces de las plantas, brindan un hábitat para los microorganismos, donde pueden encontrar nutrientes y condiciones óptimas para su desarrollo.
Las plantas excretan sustancias a través de sus raíces que pueden ser utilizadas como fuente de alimento para los microorganismos.