На другій фазі відбувається конфронтація з травматичним матеріалом – у систематичний спосіб з використанням відповідних технік кожного з підходів відбувається контрольоване «згадування» та відповідна «процесуалізація», інтеграція спогадів та пов’язаних з ними емоцій, переконань. При EMDR ця процесуалізація травми відбувається за допомогою одночасного згадування та слідкування пацієнта поглядом за рухом руки терапевта вправо-вліво або ж іншою формою білатеральної стимуляції (почерговими дотиками до лівої/правої долоні, аудіостимуляцією тощо). Гіпотезується, що такий подвійний фокус уваги – на травматичному матеріалі та на стимулах, що почергово активують ліву/праву півкулю, орієнтують увагу людини на тому, що відбувається «тут і тепер» – задіює механізм прискореної процесуалізації інформації та сприяє інтеграції травматичних спогадів у експліцитну, нарративну пам’ять. Попри те, що існують різні гіпотези щодо того, який основний діючий компонент методики EMDR, в багатьох дослідженнях чітко встановлено високу ефективність цього підходу і те, що його діючий компонент відмінний від ефекту лише однієї експозиції, яка застосовується в окремих техніках КПТ, зокрема так званої пролонгованої експозиції.
