Por otro lado, la contaminación difusa no tiene un punto de origen específico y se genera por actividades como la agricultura, donde los nutrientes y plaguicidas contaminan a través del escurrimiento y la infiltración, o por emisiones industriales que se depositan en la tierra y el agua mediante las lluvias. Las principales causas de la contaminación del agua incluyen bacterias, virus, fertilizantes, plásticos, sustancias químicas y radiactivas, entre otros.