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Constipation, 在壓力因素，包括使用抗生素、睡眠障礙、
缺乏運動和心理壓力，也可能改變腸道微生物群的組成,…
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以往認為與巴金森氏症有關的路易氏體（一種變性蛋白質凝集體），只存在大腦中，後來發現腸道的神經系統也會產生路易氏體，而且便秘、腸蠕動不佳等相關症狀出現的比大腦症狀更早，病原很可能來自早期腸道菌的失衡。另外阿茲海默症、過動症、自閉症、憂鬱症等也都被發現與腸道的菌相失衡有關。
與腸道菌相關的代謝疾病就更多了，如糖尿病、肥胖、脂肪肝、心血管疾病等；免疫疾病如氣喘、異位性皮膚炎、過敏、第一型糖尿病、胰臟炎等，甚至還包含了許多過去病因不清楚的自體免疫疾病。至於腸道本身的疾病就更不用說，如偽膜性腸炎、潰瘍性大腸炎（Ulcerative colitis）、大腸息肉與腫瘤的生成等，都與腸道菌有密切的關連。