Fue creada en 1983 como secretaría del Ministerio de Educación y Justicia. Sin embargo, su historia es un poco más compleja, ya que en marzo de 1990 fue reducida a subsecretaría, y luego en abril de 1991 pasó a depender del Ministerio de Cultura y Educación. En agosto de 1991, la subsecretaría recuperó su estatus de secretaría
En cuanto a su estructura, la Secretaría de Educación cuenta con varias subsecretarías, como la Subsecretaría de Políticas e Innovación Educativa, la Subsecretaría de Información y Evaluación Educativa, y la Subsecretaría de Políticas Universitarias, entre otras. Es importante destacar que, en 2023, el Ministerio de Educación fue reorganizado y pasó a ser una secretaría dentro del Ministerio de Capital Humano.