Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Multiple sequence alignment (MSA) - Coggle Diagram
Multiple sequence alignment (MSA)
ขั้นตอนการทำ MSA
เลือกลำดับที่ต้องการเปรียบเทียบ
จัดลำดับเหล่านั้นให้ตรงกันโดยพิจารณาจากความคล้ายคลึง
เพิ่มช่องว่าง (Gaps) ในลำดับที่จำเป็นเพื่อให้ลำดับทั้งหมดตรงกันในตำแหน่งเดียวกัน
วิเคราะห์ผลลัพธ์เพื่อหาลำดับที่อนุรักษ์ไว้และหาข้อมูลสำคัญทางชีวภาพ
Multiple Sequence Alignment (MSA) คือ กระบวนการเปรียบเทียบลำดับทางชีวภาพหลายลำดับพร้อมกัน
(เช่น ลำดับของกรดอะมิโนในโปรตีนหรือลำดับนิวคลีโอไทด์ในดีเอ็นเอ) เพื่อหาความคล้ายคลึง ความแตกต่าง หรือส่วนที่อนุรักษ์ไว้ในกลุ่มของลำดับเหล่านั้น
วัตถุประสงค์
เปรียบเทียบโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนหรือยีน เพื่อทำความเข้าใจบทบาททางชีวภาพ
วิเคราะห์วิวัฒนาการ โดยการศึกษาการเปลี่ยนแปลงของลำดับในสิ่งมีชีวิตต่างๆ เพื่อติดตามความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการ
ทำนายโครงสร้างโปรตีน โดยใช้ข้อมูลจากลำดับที่คล้ายคลึงกันเพื่อทำนายโครงสร้างที่ไม่ทราบ
ระบุ Motifs หรือ Domains ที่มีความสำคัญในโปรตีน เพื่อทำความเข้าใจหน้าที่และความสัมพันธ์ในกระบวนการทางชีวภาพ
Multiple sequence alignment (MSA) tools
MUSCLE
ข้อดี
ความแม่นยำสูง: ให้ผลลัพธ์ที่แม่นยำกว่าวิธีการจัดลำดับอื่น ๆ เนื่องจากใช้วิธี Iterative Alignment ในการปรับปรุงผลลัพธ์ซ้ำ ๆ
ความรวดเร็วในการจัดลำดับ: มีความเร็วสูงในกระบวนการจัดลำดับ ทำให้เหมาะกับข้อมูลที่มีขนาดใหญ่
รองรับลำดับข้อมูลขนาดใหญ่: สามารถจัดการกับข้อมูลลำดับหลายลำดับได้อย่างมีประสิทธิภาพ
มีการปรับปรุงอัตโนมัติ: มีการปรับปรุงลำดับอย่างต่อเนื่องจนกว่าจะได้ผลลัพธ์ที่ดีที่สุด
MAFFT
ข้อดี
มีหลายโหมดการจัดลำดับ: มีหลายโหมดที่เหมาะสมกับการจัดลำดับแบบต่าง ๆ เช่น การจัดลำดับที่มีความซับซ้อนสูง
ประสิทธิภาพสูง: มีความแม่นยำและประสิทธิภาพในการจัดลำดับสูง
รวดเร็วมาก: ใช้ Fast Fourier Transform (FFT) ในการจัดลำดับ ทำให้สามารถจัดการกับข้อมูลจำนวนมากได้อย่างรวดเร็ว
เหมาะสำหรับข้อมูลที่ซับซ้อน: เหมาะกับการจัดลำดับที่มีความแตกต่างกันในระดับสูง หรือข้อมูลที่มีความซับซ้อน
Clustal Omega
ข้อดี
ใช้งานง่าย: มีอินเทอร์เฟซที่ใช้งานได้ง่าย เหมาะสำหรับผู้ใช้ทุกระดับ
รองรับลำดับจำนวนมาก: สามารถจัดการกับลำดับข้อมูลขนาดใหญ่ได้เป็นอย่างดี
ความรวดเร็ว: สามารถจัดลำดับหลายลำดับได้อย่างรวดเร็วโดยใช้วิธีการ Progressive Alignment
มีความเสถียร: การจัดลำดับมีความแม่นยำและเสถียร โดยเฉพาะเมื่อใช้ในการจัดลำดับลำดับที่มีความคล้ายคลึงกันสูง
Open Source: เป็นซอฟต์แวร์ที่ไม่มีค่าใช้จ่ายและสามารถใช้ได้กับทุกแพลตฟอร์ม
T-Coffee
ข้อดี
การรวมข้อมูลจากหลายแหล่ง: สามารถรวมข้อมูลจากแหล่งข้อมูลที่หลากหลายเข้าด้วยกันเพื่อปรับปรุงผลลัพธ์
ประเมินคุณภาพของการจัดลำดับ: สามารถประเมินความแม่นยำของการจัดลำดับได้ ทำให้ผู้ใช้สามารถตัดสินใจเลือกการจัดลำดับที่ดีที่สุด
ความยืดหยุ่นสูง: สามารถปรับแต่งและตั้งค่าการจัดลำดับได้ตามต้องการ
ความแม่นยำสูง: มีความแม่นยำในการจัดลำดับสูงโดยใช้ข้อมูลความสัมพันธ์จากการจัดลำดับอื่น ๆ เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่ถูกต้อง