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PATHWAY & MICROARRAY - Coggle Diagram
PATHWAY & MICROARRAY
Pathway Analysis
Classical Approaches
FCS
Fluorescence correlation spectroscopy
ORA
Over Representation Analysis
LIMITI
considera n° geni DE
non considera dipendenze
non tiene conto del caso
Statistical Approach
Model Based
LIMITI
assunzione indipendenza
p value
considera solo n° geni
non considera dipendenze pathways
non considera diff tipi di interazione
non considera contenuto semantico
Resampling Based
LIMITI
ignora contenuto semantico pathways
GSEA
Gene Set Enrichment Analysis
LIMITI
ignora interazioni
non considera topologie
IMPACT ANALYSIS
tenendo conto della topologia,
si può fare un ranking delle funzioni
si introduce informazione posizionale e gerarchica
DNA MICROARRAY DATA
DATABASE
GEO
Gene Expression Omnibus
ArrayExpress
NuGO
simil black box, database portatile
creatore dato rimane proprietartio
Esperimento
tipo esperimento
fattori
controllo qualità
pubblicazioni
Campione
origine
trattamento
metadata
protocollo di estrazione
protocollo etichettatura
Array
Locazione e descrizione elementi
Immagine
tipologia
protocollo di scansione
specifiche software utilizzato
Output
Matrice quantificazione
. protocollo di analisi
specifiche software
Dati Finali
Data Processing Levels
Lack Of Gene Expressions Measurements Units
Range Dinamico
range in cui il segnale è sufficientemente sopra il rumore
Normalizzazione
Per comparare tutte le sonde per cui ho avuto un segnale
dipende da strategia, algoritmo utilizzato e presenza elementi di controllo
MIAME
Mininum Information About a Microarray Experiment
raw data for each hybridisation
normalised data for the set of hybridisations
essential sample annotation
experimental design
sufficient annotation pf the array
the essential laboratory and data processing protocols
TEMPLATE FOR EXPERIMENTAL DESIGN
simple iterated, replicati tecnici, pooling, canale duale, dye swap, reference sample, loop design, time series experiments
Pathway
costruiscono network
Sotto sistema struttura cellulare
proprietà definite, diveris tipi di interazione
Reagisce con input e output ben definiti
più interazioni interne che esterne
facilmente modellabili con un grafo
Tool Profili Funzionali
Analisi Pathway
Pathway Processor
Analisi Ontologie
Onto Express
From Genecentric to Pathway Centic Queries
find a single gene related to some variable
find gene signature, isieme tutti geni regolati da una condizione
find a pathway signature
META ANALISI
Relazioni di Analisi con dati di autori diversi