Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Metagenome sequencing - Coggle Diagram
Metagenome sequencing
Metagenome sequencing คือเครื่องมือที่ใช้ศึกษาความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตในตัวอย่างที่เราสนใจ
ใช้ในด้านการแพทย์
งานวิจัย
สกัด Microbiome
ศึกษา Community ของ Bacteria
ใช้ในด้านสิ่งแวดล้อม
ศึกษา Community ในตัวอย่างดิน
ศึกษา Bacteria ในรากพืช
Community ใน ตะกอนน้ำเสียหรือแหล่งน้ำ
ใช้ในด้านวิทยาศาสตร์อาหาร
Communiny ในตัวอย่างอาหารหมักต่าง ๆ
เทคโนโลยี Seqeuncing 3 Generation
Secondary Generation ( short-read sequencing )
454,Solexa
Next Generation Sequencing คือ การทำ Sequencing 1 ครั้ง แต่ได้ข้อมูลปริมาณมาก โดยอาศัยหลักการ High-throughput
NGS จะมี 4 step
Library Prep
Sequencing
Extraction
Analysis
Third Generation ( Long-read generation )
Long-read sequencing technology ใช้หลักการ single-molecule sequencing (SMS) และเป็นการ sequencing แบบ real-time
PacBio
ONT
First Generation ( short-read sequencing )
Sanger Sequencing
การประยุกต์ใช้ Metagenome sequencing
Amplicon Metagenome sequncing ใช้ศึกษาสิ่งมีชีวิตใด สิ่งมีชีวิตหนึ่งอาศัยการ Amplifild
PlatForm : PacBio (Long-read)/Illumina(short-read) ตัวอย่างที่ใช้ศึกษาขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์ที่ใช้ในแต่ละงาน
18S metagenome seqeuncing : ศึกษาสิ่งมีชีวิตชนิด Eukaryote
ITS metagenome seqeuncing : ศึกษาสิ่งมีชีวิตชนิดยีสต์หรือเชื้อรา
16S metagenome seqeuncing : ศึกษา community ของ Bacteria
Results of Analysis
Quanlity
Quantity
Sample prepration
gDNA extracted
Fresh sample
Shotgun Metagenome sequencing ใช้ศึกษาสิ่งมีชีวิตทั้งหมดที่มีตัวอย่าง
PlatForm : Nanopore/lllumina
species diversity
functional genes
Results of Analysis
b SEED analysis using Fisher's exact test and 0.95 confidence interval
a KEGG pathway analysis using Pearson's correlation and hierachical clustering
Sample prepration
Fresh sample
invitrogen Purelink microbiome DNA purification kit
gDNA extracted
Metatranscriptome Sequencing ใช้ศึกษา fuction , อนุกรมวิธาน ซึ่งเป็นการศึกษา whole gene expression profiling ในตัวอย่าง และทราบชนิดของสิ่งมีชีวิต
lPlatform : lllumina
ใช้ศึกษา whole gene expression, profiling
Sample prepration
ความเข้มข้น 70ng/ul ปริมาตร 40 ul
ภาพ run agarose gel
total RNA
Example research of metagenome sequencing
Early - Life Intervention Using Fecal Microbiota Combined with Promotes Gut
Microbiota Maturation, Regulates Immun System Development and Alleaiates Weaning Stress in Piglets
วัตถุประสงค์ : อยากทราบว่าสุกรที่ได้รับ Probiotics ช่วยกระตุ้น Microbiome และสามารถระตุ้นภูมิคุ้มกันได้หรือไม่
วิธีทำ : เก็บตัวอย่าง DNA จากสุกร 2 กลุ่ม คือ กลุ่ม Control กับ
Clostidium butyricum and Saccharomyces bouardii
(FMT-CT) จากนั้นทำ 16S metagenome sequencing
ผลวิจัย : พบเชื้อจุลินทรีย์ก่อโรคน้อยและพบว่ามีภูมิคุ้มกันเพิ่มขึ้นในสุกรกลุ่มทดลอง
Metagenomic Analysis of Kimchi, a Traditional Korean Fermented Food
วัตถุประสงค์ : ในเชิงการหมัก โดยใช้ 16S Metagenome มาศึกษา Community ของ Bacteria ที่พบในตัวอย่างอาหารหมัก คือ กิมจิ
วิธีทำ : ทำการหมักกิมจิไว้ 29 วัน จากนั้นทำการเก็บตัวอย่าง นำไปสกัด DNA และส่งทำ Sequencing โดย 16S metagenome sequencing
ผลวิจัย : พบจุลินทรีย์ 3 ชนิด คือ
Leuconostoc, Lactobacillus, Weissella
Use of Shotgun Metagenome sequencing To Detect Fecal Colonization with Multidrug Bacteria in Children
วัตถุประสงค์ : ตรวจหา Bacteria ดื้อยา
วิธีทำ : เก็บตัวอย่างจากคน 4 กลุ่ม คือ dult Controls, Pediatric Controls, Outpatientsc และ Inpatients
ผลวิจัย : พบว่าผู้ป่วยกลุ่ม Inpatients พบเชื้อแบคทีเรียมากกว่ากลุ่มอื่น ๆ โดยเฉพาะเชื้อ
Pseudomonas