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DNA結構&拓樸 - Coggle Diagram
DNA結構&拓樸
LK = Tw + Wr
LK0 : fully relax cccDNA
LK(交叉數) : 一個turn有一個LK
LK number固定不變
Tw = turn
Wr : DNA & DNA的纏繞
負表示右旋(多數)
右手雙螺旋(看後面那股)
皆16對bp
major groove : 22A(具選擇性辨識DNA)
minor groove : 12A
B form DNA : normal
(右手)
A form : 缺水
RNA-RNA / RNA-DNA (右手)
Z form : GC rich
(左手)
DNA is -supercoiled
原核&真核皆有topo I和topo II
DNase I 切1磷酯鍵
拓樸易構酶 : 解超螺旋DNA
Topo I : 切single strand DNA
Tw : +1 (不需要ATP)
Topo II : 一次打斷雙股 need ATP
Wr : +1 → -1(解開2 turn = 20bp)
原核特殊topo II旋轉酶(DNA gyrase)
負責原核生物染色體的負超螺旋
Hyperchormic effect增色效應
double strand → single strand
(G+C)50% 高鹽度下 : 不易解離
嘌呤(雙環)A、G
嘧啶(單環)C、T
1 turn = 10.5 bp = 34 A
每個鹼基對之間的距離
3.4nm/10 = 0.34
0.34x3x10*9 bp = 1.02m
△LK = LK - LK0
△LK<0 : -supercoiled △LK>0 : +supercoiled
superhelical density = △LK / LK0
密度越大 supertwist越多
ethoidium 使DNA relax