Kurangnya dukungan komunitas politik membuat pemerintahan pada masanya mengalami berbagai praktik kekerasan, disintegrasi sosial dan rapuhnya legitimasi kekuasaan yang ia pimpin. Masa pemerintahan Habibie dianggap sebagai masa transisi, karena pada masa pemerintahannya adalah masa yang rawan.
Tekanan-tekanan yang ia hadapi membuat ia sulit untuk menemukan sumber daya material dan manusia pada masa pemerintahannya. sistem demokrasi yang ia jalankan seperti kebebasan pres, adanya pemilu multipartai, dan penyelenggaraan pemerintahan daerah.
Prestasinya yang patut dibanggakan, salah satunya yaitu menurunnya nilai dolar hingga Rp 10.000 per 1 dollar AS. Di mana sebelumnnya mencapai Rp 15.000 per 1 dollar AS.