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Interazioni proteina proteina - Coggle Diagram
Interazioni proteina proteina
Interazioni Intermolecolari
proteine sono i principali attori della funzione biologica
ma le proteine NON FUNZIONANO DA SOLE
interagiscono con altre molecole, piccoli ioni, ioni organici, ioni metallici, con altre proteine, cin macromolecole
le cellule sono dense
interazioni quasi forzate
spesso interazioni non specifiche
altre interazioni danno un contributo dal punto di vista funzionale
distanze confrontabili con i raggi atomici
(raggi di van der walls)
distanza minima internucleare tale che non ci siano legami chimici
Interazioni fra Proteine
fisiche
interazioni energeticamente favorevoli
interazioni energicamente poco significative
non fisiche
fanno funzionare lo stesso pathway metabolico
mediate da scambio di sostanze
rappresentazione
Networks
rappresentazione più naturale per le interazioni
metodo visivo per mostrare alcuni processi che avvengono all'interno della cellula
insieme di nodi e linee che li collegano
nodi proteine
linee interazioni
heatmap
per rappresentazione di tipo matriciale
per mappare sopra al network altre proprietà
colore può indicare le strutture funzionali a cui appartengono
PPI e evoluzione
mutazioni di una proteina sopravvivono maggiormente se compensate da altre proteine per preservare l'interazione
MirrorTree
opzione più accurata per identificare interazioni
allineamento multiplo A con tante proteine ortologhe
allineamento multiplo B con le stesse proteine
vedo se c'è correlazione nelle variazioni tra due colonne nei due MSA
Troppo rumore per studiare subito la correlazione
costruzione matrici di distanza e calcolo similarità tra le due matrici
coefficiente di correlazione
(paraloghi)
approccio iterativo
si rappresenta ogni gruppo con Network
si estraggono gli appaiamento osservando similarità tra due network
da qui posso fare analisi per identificare ulteriori coppie
Sequence Similarity Network
funzioni
Evidenziare relazioni all'interno della famiglia che possono essere legate da mutazioni
rintracciare relaziioni di tipo funzionale
metodo
costruzione tutti allineamenti pair wise
(matrice allineamento a coppie)
più rapido degli allineamenti multipli
matrice di Error Value
viene discretizzata
ripeto visualizzazione network usando diversi livelli di soglia di errore
livello ottimale trovato a tentativi
costruzione dendogrammi con clustering gerarchico
efi est computa l'SSN
problemi
lunghezza sequenze all'interno della superfamiglia è molto variabile
sequenze molto corte = possibili errori di sequenziamento
sequenze molto lunghe= fusione genica (fusione 2 geni a qualche stadio evolutivo)