Patofisiologi GJA kompleks dan bervariasi, dengan banyak mekanisme patogenetik yang bersamaan. Tiga hal yang mendasari terjadinya GJA: organ jantung, faktor pemicu, dan mekanisme patologis. Terjadi masalah akut fungsi dan struktur jantung yang dipicu (faktor pemicu - hipertensi, sindrom koroner akut, aritmia, infeksi, disfungsi ginjal, dll) sehingga timbul mekanisme patologis berupa GJA.