Las órdenes religiosas fundaron numerosas instituciones educativas. Estas escuelas y universidades promovieron la educación en un contexto cristiano y europeo, enseñando no solo religión sino también idiomas, filosofía y ciencias según los estándares europeos. La Universidad Central del Ecuador, por ejemplo, fue fundada en 1826, poco después de la independencia, pero sus raíces están en las instituciones educativas establecidas durante el período colonial.