Coordenado pelo MGI, o PEN é um projeto de gestão pública, que visa a obtenção de substanciais melhorias no desempenho dos processos da administração pública, com ganhos em agilidade, produtividade, satisfação do público usuário e redução de custos. No âmbito do PEN, o SEI foi escolhido como a solução de processo eletrônico, formando a sólida parceria PEN-SEI.