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BIOINFORMATICA - Coggle Diagram

- - - - si sequenzia un numero determinato di basi: il frammento potrebbe essere non sequenziato interamente
  - - - ogni nucleotide produce un caratteristico drop di voltaggio dovuto alle sue dimensioni
- - - - Location
      - Annotations
    - - sequenza vera e propria
    - - informazioni sequenza in oggetto
        
        Locus
        
        indica il genoma di riferimento
        
        Accession
        
        coordinate del gene rispetto al genoma di riferimento
    - - per 372 bp
        usa 6358 caratteri
  - - - inizia con >
      - tipologie
        
        NCBI
        
        Sequence identifier
        
        must be unique and with no spaces
        
        Organism name
        
        [modifier= text]
        informazioni sul organismo da cui è ottenuta la sequenza
        
        Strain definition
        
        General description
        
        titolo della sequenza
        
        Uniprot
        
        db: sp or tr
        
        unique identifier
        
        Entry name
        
        Protein Name
        
        Organism Name
        
        Organism identifier
        
        NCBI unique idetifier
        
        Gene Name
        
        Protein Existence
        
        valore numerico che descrive la evidenza dell'esistenza della determinata proteina
        
        Sequence Version
        
        numero della versione della sequenza
  - - - quality values
    - - non ideale per file larghi
  - - - ASCII andrebbe da 32 in poi
        
        Phred+64
        
        1 errore ogni 10
        
        phred+33
        
        1 errore ogni 10k
    - - @ header
        sequenza
        +
        qualità
        
        le header cambiano a seconda della macchina utilizzata
  - - - flag da una paired Read interpretation
      - cigar da informazioni sull'allineamento
      - tlen indica la lunghezza
        delle read
        
        differenza di pnext+100 e pos
  - - - END
      - START
      - TYPE
        
        un po un macello (ontologie, ecc)
      - SCORE
        
        misura di affidabilità
      - SOURCE
      - STRAND
        
        5' 3' =più
        3' 5'= meno
      - ID
      - PHASE
        
        0 1 2
        a seconda della base con cui parte
        
        mi dicono quale leggere, la direzione in cui leggere e da dove partire
      - ATTRIBUTES
        
        lista di tag value
        
        free
- - - - enzimi
      - polipeptidi
      - proteine
    - - Timina
        
        nell'RNA
        diventa Uracile
        
        TRADUZIONE
        
        Nucleotidi letti da ribosomi
        e tradotti in peptidi
        
        il vocabolario genetico è formato
        da parole di 3 lettere
        
        64 possibili,
        ma solo 22 amminoacidi
        
        IL CODICE GENETICO
        E' RIDONDANTE
        
        codone di stop dice a ibosomi quando fermarsi a 'scrivere parole'
      - Citosina
      - Adenina
      - Guanina
    - - molecole di carbonio,
        idrogeno e ossigeno
      - Per energia, metabolismo
        Per immagazzinare, per struttura
      - deossiribosio
        
        al quinto si può
        legare un fosfato
        
        deossiribosio 5-fosfato
        
        altri due fosfati si possono
        aggiungere
        
        deossiribosio trifosfato
        
        una nucleobase
        può essere aggiunta al 1
        
        1 more item...
    - - doppia elica si apre
        
        reazione in DNA polimerasi
        
        deossinucleoside trifosfato più DNAn
        -> <-
        pirofosfato più DNA n più 1
        
        direzione 5' 3'
  - - - codone di start
        
        usually atg
        
        RULES WERE MADE TO BE BROKEN
      - codone di stop
        
        taa tag tga
    - - procarioti
        
        da DNA a mRNA
        
        seuenza di regolazione e regioni di codificazione proteine
        
        susseguirsi di regioni tradotte e non tradotte
      - Eucarioti
        
        da DNA a pre mRNA a mRNA maturo
        
        presenza di esoni e introni
        
        una sola open reading frames
- - - - matrice di confronto due sequenze,
        ci si muove in diagonale o in basso/di lato per completare la matrice seguendo una regola
        
        partendo in basso a desta si fa il trace back
        (si scelgono punteggi più alti)
      - Controlla best allineamento rispetto la interezza delle due sequenze
    - - prime riga e colonna si assegna zero
        
        non ci sono score negativi
        
        trace back parte dalla cellula col valore più alto della ultima riga o colonna
      - controlla regioni di similarità tra due sequenze