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Sequenciamento - Coggle Diagram
Sequenciamento
1º Geração
método químico
Maxam e Gilbert
método de Sanger/ Didesoxi/método de terminação de cadeia
ainda usa a degradação química do DNA, contudo utiliza um nucleotídeo modificado (Didesoxirribose). Possui 3 etapas
Síntese enzimática (PCR)
desnaturação: separação da dupla fita
Adiciona um
primer
marcado radiotivamente
vai na porção 5' do DNA: marcados p³² ou S³5 - para saber onde começa a síntese
As
fitas simples
são separadas em 4 tubos e em cada tubo é adicionado
apenas um tipo de ddNTP's
+ DNA-polimerase + dNTP's + cofator da polimerase + tampão
DNA - polimerase I modificada (fragmento de Klenow)
Essa polimerase tem 3 atividades
Exonuclease: 3' - 5' (2/3)
Exonuclease: 5' - 3' (1/3)
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síntese: 5' -3' (1/3)
DNA -polimerase do Fago 7 também pode ser usada
a fita é interrompida sempre que aparecer um didesoxirribonucleotídeo, formando fragmentos de vários tamanhos
Didesoxirribonucleotídeo: nucleotídeo modificado, sem a OH do carbono 5', isso impede a ligação fosfodiester com o próximo nucleotídeo
Análise de fragmentos
Eletrofose em gel
poliacrilamida
fragmentos menores correm mais no gel
fragmentos são separados quimicamente
mesmo método de Maxam/Gilbert
Uso de fluorescência para visualizar
Automatização
adicionado um cromatograma
acoplado a eletroforese
fluoróforos
permite a leitura simultânea
cada nucleotídeo emita uma luz em uma onda específica
permite diferenciá-los
método de identificação das sequencias dos ácidos nucleicos
2º geração/ Grandes plataformas