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MACROMOLECOLE, Primo livello di organizzazione: il nucleosoma Il DNA si…

- - - - DOMINI
        
        DOMINIO alfa
        
        DOMINIO beta
        
        DOMINIO alfa/beta
        
        altro
- - - - attacco nucleofilo del gruppo 3'-OH di un nucleotide trifosfato → rottura legame fosfoanidridico e eliminazione pirofosfato (2 gruppi di fosfato)
        
        Il nucleotide quindi ha: un'estremità gruppo 5' fosfato, un'estremità 3' ossidrile (-OH)
        
        l'estremità ossidrile 3' attacca l'estremità di fosfato 5' della molecola successiva attraverso l'enzima DNA-polimerasi, con espulsione del gruppo pirofosfato
        
        a pH fisiologico gli acidi nucleici sono polianioni
        
        DNA ha quindi uno scheletro di zucchero-fosfato (in quanto le basi stanno all'interno dello scheletro
        
        il legame fosfodiesterico è direzionale 5'→3' (come tutto)
        
        Regole di Chargaff
    - - Struttura secondaria: DOPPIA ELICA
        
        doppia elica destrorsa
        
        catene antiparallele
        
        scheletro zucchero-fosforo esterno, basi interne, perpendicolari all'asse dell'elica e separate da 3,4 Å (0,34 nm)
        
        ogni base è appaiate tramite legame a H con una base dell'altra catena
        
        struttura elicoidale che si ripete ogni 36 Å (ogni 10,5 coppie di basi)
        
        Forma B: più stabile e comune
        
        Forma A: in soluzioni povere di acqua
        
        Forma Z: in alte concentrazioni di sali
      - Rinaturazione spontanea se valori riportati vicini a quelli fisiologici lentamente, le catene si riavvolgono
    - - RNA messaggero (mRNA)
        
        RNA-ribosomiale (rRNA)
        
        RNA transfer (tRNA)
        
        CODICE GENETICO degenerato o ridondante
        
        mRNA ha diverse fasi di vita
        
        Sintesi
        
        Maturazione
        
        Migrazione
        
        Lettura del messaggio
        
        Degradazione della molecola
        
        Nella maturazione troviamo: capping, tagging, splicing
        
        rRNA: costituisce 2/3 del ribosoma, che provede l'assemblaggio delle proteine
        
        2 subunità, una maggiore di RNA+34 proteine e quella minore di RNA+21 proteine
        
        immersi nel citoplasma
        
        tRNA
        
        lega chimicamente l'amminoacido e si appaia all'mRNA
        
        ogni tRNA è specifico per amminoacido e codone (aa alanina →ala-tRNA)
        
        all'estremità troviamo CCA (attacco aa) con -OH in 3' del ribosio libero
        
        all'estremità opposta abbiamo l'anticodone, complementare a al codone dell'mRNA
        
        Braccio aa
        
        Braccio D
        
        Braccio anticodone
        
        Braccio T
        
        Braccio extra
  - - - Qualsiasi composto che manifesta proprietà basiche per via della presenza di un doppietto elettronico NON condiviso su un atomo di azoto. Esempio: ammoniaca/ammine
      - Si distinguono in
        
        Purine
        
        Guanina (G)
        
        Adenina (A)
        
        Altri composti purinici sono la caffeina e la teobrimina, sono composti da sistemi policiclici derivanti dalla fusione di un anello pirimidinico e di uno imidazolico
        
        Pirimidine
        
        Citosina (C)
        
        Timina (T, solo nel DNA)
        
        Uracile (U)
        
        Altri composti sono i barbiturici (farmaci ad azione sedativa), sono composti eterociclici aromatici a 6 termini, con 2 atomi di azoto
        
        Interazioni di van der Waals (+ forti tra purine, - forti tra pirimidine)
        
        G-C
        
        T-A
        
        U-A
  - - - ATP lega fino a 3 fosfati
        (AMP → ADP → ATP) e i 3 g.fosfati vengono indicati con alfa (legato al ribosio), beta e gamma
  - - - REPLICAZIONE DEL DNA
      - TRASCRIZIONE DEL DNA
        
        TRADUZIONE DEL DNA
- - - - Aldeidi e chetoni reagiscono spontaneamente in ambiente acquoso generando emiacetali o emichetali, quindi i saccaridi ciclizzano in una forma ad anello
        
        Processo di muratorazione, nel caso del D-glucosio è più stabile il beta (64%)
    - - contiene uno o più centri chirali → forme isomeriche otticamente attive (proiezione di Fisher, L e D rispetto alla posizione del penultimo -OH)
      - Epimeri: differiscono nella configurazione attorno ad un solo centro stereogenico (centro chirale)
      - Per ogni monosaccaride è possibile 2^(n-2) stereoisomeri
      - POTERE ROTATORIO SPECIFICO
        
        [α] = α/(l * c)
        L = lunghezza (dm) del tubo polarimetro
        c = concentrazione della soluzione
    - - Formazione dei glucosidi (acetali)
      - Formazione dei N-glucosidi
        
        Zucchero + ammina/alcol = glucoside
      - Riduzione dei gruppi carbossilici ad alditoli
        
        formazione di composti poliossidrilici, utilizzati nelle chewing-gum
      - Isomerizzazione alcalica
        
        monosaccaride + base forte = miscela di isomeri con intermedio instabile enediolo (C=C)
      - Ossidazione
        
        ossidazione blanda (acidi aldonici) FEHLING, BENEDICT, TOLLENS; acidi aldarici; acidi uronici (protezione gruppo aldeidico)
  - - - Saccarosio: glucosio + fruttosio (legame 1-2) Lattosio: galattosio + glucosio (legame 1-4)
    - - Amido= 20% amilosio + 80% amilopectina Amilosio: catene NON ramificate D-glucosio (legami 1-4)
        Amilopectina: ramificato D-glucosio (legami 1-4) (1-6 negli attacchi delle ramificazioni)
        Glicogeno: simil-amilopectina, ma con più ramificazioni
        Cellulosa: simil-amilosio
        Chitina: esoscheletro degli artopodi, contiene azoto
  - - - Ciclizzano dando strutture furanosiche
- - - - Teoria degli urti
      - E + S → ES → EP → E + P
        E= enzima
        S= substrato
        P=prodotto
- - - - CHIMICHE
        
        acidi deboli (pH=5)
        
        reattività degli a. carbossilici
        
        reagisce con idrossidi di metalli (NaOH) a formare saponi
        
        C=C sensibili a ossidazione
      - FISICHE
        
        p. di fusione > man mano che la catena si allunga
        
        rotazione lungo i legami C-C quindi flessibilità
        
        in natura C=C cis (ripiegamento rigido)
        
        Impacchettamento in base al grado di saturazione
        
        saturi=cristallini (burro), insaturi=liquidi (olio)
        
        idrofobicità, formazione di micelle in soluzioni acquose
  - - - Trigliceridi, monogliceridi e digliceridi
    - - Fosfolipidi
        
        Sfingofosfolipidi
        
        Glicolipidi
        
        Glicosfingolipidi
- - - - Quinto livello di condensazione: cromosoma metafasico
        
        due catene di proteine, unite da una terza (centromero) attorno al quale l'eterocromina si avvolge numerose volte
        
        il cromosoma metafasico non è altro che le strutture a X dei cromosomi, visibili durante la metafase