Quando, l'8 settembre 1943, fu dato l'annuncio dell'armistizio dell'Italia con gli Alleati, egli si trovava in caserma ad Alessandria. Come ufficiale, con il grado di tenente di artiglieria, fu arrestato dai tedeschi il 9 settembre e imprigionato nella Cittadella di Alessandria. Venne quindi inviato nei campi di prigionia tedeschi di Częstochowa e Beniaminów in Polonia e poi in Germania, a Wietzendorf e Sandbostel, dove rimase due anni assieme agli altri Internati Militari Italiani. In prigionia rifiutò di combattere per la Repubblica Sociale. Qui compose La favola di Natale, racconto musicato di un sogno di libertà nel suo Natale da prigioniero. Riguardo al duro periodo di prigionia, disse: «Non abbiamo vissuto come i bruti. Non ci siamo rinchiusi nel nostro egoismo. La fame, la sporcizia, il freddo, le malattie, la disperata nostalgia delle nostre mamme e dei nostri figli, il cupo dolore per l'infelicità della nostra terra non ci hanno sconfitti. Non abbiamo dimenticato mai di essere uomini civili, con un passato e un avvenire». Tornò dal lager che pesava 40 chili. In seguito, descrisse il periodo di prigionia nel Diario clandestino.
Guareschi era rimasto un irriducibile monarchico e non lo nascose. In occasione del referendum istituzionale del 2 giugno 1946 sostenne apertamente la monarchia e denunciò i brogli che secondo lui avevano ribaltato l'esito del voto popolare.
Oltre a fare satira Guareschi denunciò gli omicidi politici compiuti dai partigiani comunisti nel cosiddetto "triangolo della morte.
