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LA VARIABILITA' INTERINDIVIDUALE 2 - Coggle Diagram
LA VARIABILITA' INTERINDIVIDUALE 2
RT-PCR
(REVERSE TRANSCRIPTASE-PCR)
E’ RAPIDA E VERSATILE E PERMETTE DI OTTENERE E CLONARE TRATTI DI RNA DESIDERATI O ADDIRITTURA DI GENERARE “CDNA LIBRARIES”.
E’ ANCHE POSSIBILE MEDIANTE RT-PCR, CON TALUNI ADATTAMENTI, IDENTIFICARE MUTAZIONI O POLIMORFISMI.
PER TALE MOTIVO, MOLTE VARIANTI DELLO SCHEMA PRINCIPALE DI REAZIONE VENGONO CONTINUAMENTE PRODOTTE.
È LA REAZIONE CON LA QUALE SI AMPLIFICANO COPIE DELL’RNA IN CDNA.
QUESTA TECNICA INOLTRE VIENE LARGAMENTE IMPIEGATA PER VALUTARE L’ESPRESSIONE GENICA TRAMITE IL CONTENUTO DI MRNA PER IL GENE IN ESAME.
RAPD-PCR
(RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA)
VIENE, COSÌ, GENERATA UNA SERIE DI FRAMMENTI DI DIFFERENTE LUNGHEZZA, DOVUTI AI DIVERSI PUNTI DI APPAIAMENTO DEL PRIMER,
FACILMENTE VISUALIZZABILI SU GEL D’AGAROSIO.
ANCHE IN QUESTO CASO SI OTTENGONO PROFILI DI AMPLIFICAZIONI CARATTERISTICI DA INDIVIDUO A INDIVIDUO.
E' UNA VARIANTE ALL'UTILIZZO DELLA PCR, CHE CONSISTE NELL’AMPLIFICAZIONE DI SEGMENTI IGNOTI DI DNA UTILIZZANDO UN SINGOLO OLIGONUCLEOTIDE (PRIMER)
COME INNESCO CON SEQUENZA ARBITRARIA.
STR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
QUESTI MICROSATELLITI PRESENTANO UN ALTO LIVELLO DI POLIMORFISMO E SONO MARCATORI INFORMATIVI NEGLI STUDI DI GENETICA DI POPOLAZIONE E NELLA GENETICA FORENZE
VANTAGGI
X QUESTI MOTIVI, VI È STATO UN RAPIDO INCREMENTO DEL NUMERO DEGLI STR ESAMINATI.
ALTAMENTE POLIMORFICI E, QUINDI, INFORMATIVI / ANALIZZABILI FACILMENTE TRAMITE PCR
NUMEROSI / EQUAMENTE DISTRIBUITI IN TUTTA LA PARTE EUCROMATICA DEL GENOMA
STUTTER BANDS
SEBBENE SIANO STATE AVANZATE DIVERSE TEORIE X SPIEGARE LE CAUSE DI TALE FENOMENO,
A TUTT’OGGI NON È STATO DESCRITTO ALCUN METODO CHE SIA IN GRADO DI RIDURRE O DI ELIMINARE TALI BANDE.
DURANTE L’AMPLIFICAZIONE DI QUASI TUTTI I LOCI STR SI PRODUCONO DEGLI ARTEFATTI COSTITUITI DA BANDE DENOMINATE "STUTTER" O "SHADOW“.
ANALISI
I PRIMERS, PROGETTATI ESTERNI ALLA SEQUENZA RIPETUTA ED UTILIZZATI X AMPLIFICARE LE SEQUENZE DEI MICROSATELLITI,
SONO MARCATI COVALENTEMENTE CON DIFFERENTI FLUOROFORI
TALI MOLECOLE ASSORBONO L'ENERGIA FORNITA DA UN LASER
X POI RIEMETTTERLA A LUNGHEZZE D'ONDA DIFFERENTI SPECIFICHE X CIASCUN FLUOROFORO
ATTUALMENTE SI UTILIZZANO TECNICHE DI PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
SONO SEQUENZE RIPETUTE DI DNA NON CODIFICANTE COSTITUITE DA UNITA' DI RIPETIZIONE MOLTO CORTE
DISPOSTE SECONDO UNA RIPETIZIONE IN TANDEM, UTILIZZABILI COME MARCATORI MOLECOLARI DI LOCI
DNA MINISATELLITE IPERVARIABILE O VNTR
(VARIABLE NUMBER OF TANDEM REPEAT)
LA MAGGIOR PARTE DI QUESTE SEQUENZE NON SONO TRASCRITTE ECCETTO ALCUNI ELEMENTI ALL'INTERNO DI SEQUENZE INTRAGENICHE NON CODIFICANTI
MOLTI DI QUESTI GRUPPI SI TROVANO VICINO AI TELOMERI
IL SIGNIFICATO NON E' ANCORA CHIARO, MA INDIPENDENTEMENTE DALLA LORO REALE FUNZIONE NEL GENOMA UMANO,
ESISTE UN UTILIZZO PRATICO DI QUESTI GRUPPI, MA IN GENERE DELLE SEQUENZE RIPETUTE, NEL DNA FINGERPRINTING (IMPRONTA DIGITALE DEL DNA)
SONO SEQUENZE ALTAMENTE POLIMORFICHE ED ORGANIZZATE IN OLTRE 1000 GRUPPI (LUNGHI DA 0.1 A 20 KB) DI CORTE UNITA' RIPETUTE IN TANDEM,
CHE VARIANO CONSIDEREVOLMENTE X DIMENSIONI MA POSSEGGONO UNA SEQUENZA COMUNE CENTRALE (CORE) GGGCAGGAXG
DNA SATELLITE
IL DNA DI QUESTO TIPO NON E' TRASCRITTO E PRATICAMENTE COSTITUISCE IL GROSSO DELL'ETEROCROMATINA DEL GENOMA LOCALIZZATA AL CENTROMERO (TEROCROMATINA PERICENTRICA)
COMPRENDE UN GRANDE GRUPPO DI BLOCCHI DI DNA RIPETUTO IN TANDEM CON SINGOLE UNITA' RIPETUTE + O - COMPLESSE.